不论是以现金形式还是票据报销等方式取得由于公务用车制度改革而发生的车补，都是个人所得税应税收入，在支付个人车补时，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计算和代扣代缴个人所得税。具体标准不同省市有不同扣除标准。如辽宁省规定，实行公务用车制度改革的单位，其职工以现金或实报实销方式取得的车改补贴收入，均扣除70％的公务费用后并入“工资、薪金所得”计征个人所得税。公务费用扣除最高限额为每月2500元，超过的部分并入“工资、薪金所得”计征个人所得税；河北省规定，各单位向职工个人发放的交通补贴（包括报销、现金等形式），按交通补贴全额的30％作为个人收入并入当月工资薪金所得征收个人所得税。

个人所得税专项扣除标准

1、纳税人的子女接受学前教育和学历教育的相关支出，按照每个子女每年12000元（每月1000元）的标准定额扣除。2、纳税人接受学历继续教育的支出，在学历教育期间按照每年4800元（每月400元）定额扣除。纳税人接受技能人员职业资格继续教育、专业技术人员职业资格继续教育支出，在取得相关证书的年度，按照每年3600元定额扣除。3、一个纳税年度内，大病医疗支出，可以按照每年60000元标准限额据实扣除。4、纳税人本人或配偶使用商业银行或住房公积金个人住房贷款为本人或其配偶购买住房，发生的首套住房贷款利息支出，在偿还贷款期间，可以按照每年12000元（每月1000元）标准定额扣除。非首套住房贷款利息支出，纳税人不得扣除。纳税人只能享受一套首套住房贷款利息扣除。5、住房租金专项附加扣除：承租的住房位于直辖市、省会城市、计划单列市以及国务院确定的其他城市，扣除标准为每年14400元（每月1200元）；承租的住房位于其他城市的，市辖区户籍人口超过100万的，扣除标准为每年12000元（每月1000元）；承租的住房位于其他城市的，市辖区户籍人口不超过100万（含）的，扣除标准为每年9600元（每月800元）。6、赡养老人专项附加扣除：纳税人为独生子女的，按照每年24000元（每月2000元）的标准定额扣除；纳税人为非独生子女的，应当与其兄弟姐妹分摊每年24000元（每月2000元）的扣除额度，分摊方式包括平均分摊、被赡养人指定分摊或者赡养人约定分摊，具体分摊方式在一个纳税年度内不得变更。

《关于个人因公务用车制度改革取得补贴收入征收个人所得税问题的通知》（国税函［2006］245号）规定，因公务用车制度改革而以现金、报销等形式向职工个人支付的收入，均应视为个人取得公务用车补贴收入，按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。