根源在于，二者所针对的土地所有权性质不同。

城市房屋拆迁：

针对的是城市规划区内国有土地上的房屋，房屋所有者对土地享有使用权。因此，在城市拆迁前应该依法收回土地使用权。

农村房屋拆迁：

农村房屋的土地是归农村集体所有，在拆迁前，需要依法办理集体土地征收手续，将集体所有土地变更为国有土地，再办理出让手续以取得土地的使用权。

补偿方面：

城市房屋拆迁：根据相关法规规定，补偿依据区位、用途和建筑面积。补偿数额较为合理。城市居民对于拆迁补偿比较满意。

农村房屋拆迁：主要为土地补偿费，安置补助费、地上附着物和青苗补偿费。土地补偿费归农村集体所有，由村集体统一分配。

土地补偿费：国家征收农村集体经济组织土地用于一般建设的，其土地补偿费的计算标准是：征收耕地的，按该耕地被征收前3年平均年产值的6～10倍计算。征收耕地之外的其他土地，土地补偿费由各省、自治区、直辖市参照上述对耕地的土地补偿费标准予以确定。

地上附着物补偿费：指地上的各种建筑物，构筑物，如房屋、水井、道路、管线、水渠等物的拆迁费用和恢复费用及被征收土地上林木的补偿费用或砍伐费用的综合。

由于农村征地后，土地的性质改变了。但是给农民的补偿却不因为改变性质后的区位、用途等进行补差。所以农民获得的拆迁补偿费较低。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十三条

对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。

第二十四条

市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。

第二十五条

房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。

第二十六条

房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。

第二十七条

实施房屋征收应当先补偿、后搬迁。作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予补偿后，被征收人应当在补偿协议约定或者补偿决定确定的搬迁期限内完成搬迁。任何单位和个人不得采取暴力、威胁或者违反规定中断供水、供热、供气、供电和道路通行等非法方式迫使被征收人搬迁。禁止建设单位参与搬迁活动。

第二十八条

被征收人在法定期限内不申请行政复议或者不提起行政诉讼，在补偿决定规定的期限内又不搬迁的，由作出房屋征收决定的市、县级人民政府依法申请人民法院强制执行。强制执行申请书应当附具补偿金额和专户存储账号、产权调换房屋和周转用房的地点和面积等材料。

第二十九条

房屋征收部门应当依法建立房屋征收补偿档案，并将分户补偿情况在房屋征收范围内向被征收人公布。审计机关应当加强对征收补偿费用管理和使用情况的监督，并公布审计结果。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》：第三章 补 偿 第二十五条 房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。\n补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。