确权后的宅基地发生纠纷的，可以通过以下方式处理：

1、协商解决：

（1）《土地管理法》第十四条第一款规定：“土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决。”据此规定，公民之间发生的宅基地纠纷，应当先通过协商的方式加以解决。

（2）所谓协商解决是指土地纠纷发生以后，由当事人在自愿、互谅的基础上，按照有关法律规定，在不损害他人利益的前提下，直接进行磋商，自行解决纠纷的办法。

（3）协商解决后，当事人双方应当签署协议。该协议由当事人自愿执行，没有法律的约束力。如果当事人一方后悔，拒绝执行，另一方可以申请人民政府土地管理部门进行调处。

2、行政解决：

（1）《土地管理法》第十四条第二款规定：“个人之间，个人与单位之间争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。”该法还规定，侵犯土地的所有权或者使用权争议，由县级以上地方人民政府土地管理部门责令停止侵犯、赔偿损失。”

（2）人民政府受理土地纠纷，一般采用调解和裁决两种方式调处。

第一种：调解

调解是由第三者从中调停，促使当事人和解的一种方式。土地纠纷是土地管理部门进行调解，属于行政调解。它是根据《土地管理法》授权进行的，具有行政效力。

调解的程序是：

①受理纠纷当事人的申诉。土地纠纷当事人一方或双方，以口头、信访或书面报告形式，将纠纷的事实向人民政府提出申诉，并出示有关地权地界的证明文件。

②地权纠纷的调查。土地管理部门根据当事人的申诉及地权地界的证明文件进行调查。查明争议地界的历史情况及文件（政府过去确定地权的文件、协议、图件及历史上使用情况等）以及发生纠纷的原因、过程、造成的危害和双方对纠纷处理的意见。

③调解。土地管理部门依据政策、法规，根据调查结果，向当事人进行宣传、说服工作，使认识逐步趋向一致，使纠纷得到解决。调解时，既要坚持原则，又要具有一定灵活性，从实际出发，实事求是地解决问题。

④签订调解协议书。调解成功后，当事人签订调解协议书。调解协议书应该包括：当事人姓名、地址，代表人和代理人姓名职务；纠纷的主要事实；协议内容和费用承担等项目。调解协议书要由当事人、调解员和书记员签字，并加盖主持调解机关的公章。调解协议书送达后，当事人均应当自觉执行。

第二种：行政裁决

行政裁决是仲裁的一种形式，是有关机关以第三者的身份，依照法律对纠纷作出的公正的具有约束力的处理决定。

裁决的程序是：

①当事人提出裁决申请。当土地纠纷调解不成时，当事人任何一方均可向被诉一方所在地的土地管理部门提出裁决申请，裁决申请采用书面形式。

②调解。土地管理部门在做出裁决以前，要在纠纷当事人之间再次做出调解。调解不成的，即进行裁决。

③裁决。裁决前应书面通知当事人和有关人员到场。土地管理部门依据法律和调查结果，本着保障合法权益，有利团结和保护土地资源的原则，作出决定。

3、司法解决：

（1）《土地管理法》第十四条第二款规定：“当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。”这表明公民之间就土地的使用权和所有权发生的纠纷，只按照《土地管理法》第十四条和第五十三条的规定，先经过有关行政机关的处理，对于处理决定不服，才可以向人民法院提起诉讼。否则，人民法院不予受理。

（2）当事人拒不履行发生法律效力的处理决定的，按照《行政诉讼法》的有关规定，由受理案件的人民政府国土资源行政主管部门报请作出处理决定的人民政府提出《强制执行申请书》，送交有管辖权的人民法院，申请人民法院强制执行。

（3）当事人根据协议、处理决定（裁决）或判决结果，向土地管理机关申请登记，换取新的土地证。在土地争议解决前，土地管理机关有权确定临时处置办法，合理使用、保护有争议的土地，争议各方均需服从，不得荒废土地；不准破坏土地及其附着物；不得修建永久性建筑物；不得聚众闹事；不得强占土地。

土地确权处理过程中，经以下六大基本原则要遵守的，能有效避免不必要的纠纷：

1、承包的用地面积小于实际用地面积的情况以实际情况为标准；

2、已被合法占用并拿到补偿的土地直接从确权登记的土地面积上减出来；

3、无法复垦的承包地按原面积和用途确权，比如：荒废已久的土地就不计算在内了；

4、用作公益用地的情况处理，如：村组内所建公路、机耕路、塘、坝、渠、学校、办公室等生产公益事业占用的承包地，其中处理分为两点：

（1）已办理征用手续并给与补偿的，不在计入承包地；

（2）未享受一次性补偿的，仍按原农村二轮可承包面积确权登记，在到户清册备注栏中注明情况。

5、二轮承包后村里又有调整过土地的，这个处理方法是在不违背政策的前提下，由村民组织实行民主协商解决，可依据土地承包现状予以确权登记颁证。

6、未获得审批而先出行建设改变用途的，一律不予进行确权处理。

【法律依据】

《土地管理法》第十四条

土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。

第五十三条

经批准的建设项目需要使用国有建设用地的，建设单位应当持法律、行政法规规定的有关文件，向有批准权的县级以上人民政府自然资源主管部门提出建设用地申请，经自然资源主管部门审查，报本级人民政府批准。

《中华人民共和国民法典》第二百三十三条

物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。

第二百三十四条

因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。