1、根据我国相关法律法规，土地征收补偿协议由征收部门与土地所有人、使用人签订。《中华人民共和国土地管理法》第四十七条国家征收土地，由县级以上地方人民政府依照法定程序批准后公告实施。

县级以上地方人民政府申请征收土地的，应当对被征收土地的现状进行调查和社会稳定风险评估，并公布征收范围、土地现状、征收目的，被征收土地所在乡（镇）、村、村民小组范围内的补偿标准、安置方式和社会保障至少30天，听取被征收农村集体意见和经济组织及其成员的意见，村民委员会和其他有关方面。

被征收的农村集体经济组织成员多数认为征地补偿安置方案不符合法律、法规规定的，由县级以上地方人民政府组织听证，修改征地补偿安置方案根据法律法规的规定和听证情况。被征收土地的所有人、使用人应当在公告规定的期限内，持房地产权证办理补偿登记。县级以上地方人民政府应当组织有关部门计算落实有关费用，确保足额到位，并与被征收土地的所有人、使用人签订补偿安置协议；确实难以达成协议的，申请征收土地，应当如实说明。有关前期工作完成后，县级以上地方人民政府可以申请征地。第二，如何处理农民土地征收补偿纠纷的法律处理方法主要包括行政诉讼、行政复议、行政复议裁定、民事诉讼等。根据案件的不同特点，启动不同的法律程序。行政复议，是指公民、法人或者其他组织对行政主体的具体行政行为不服，认为该行政主体的具体行政行为侵犯其合法权益的具体行政行为。依法向法定行政复议机关申请复议，行政复议机关依法对具体行政行为的合法性、适当性进行审查，作出行政复议决定。行政救济是公民、法人或者其他组织通过行政救济解决行政纠纷的一种方式。征地纠纷行政诉讼，是指公民、法人对具体行政行为向人民法院提起诉讼，由人民法院审理、作出判决、裁定的司法程序。即我们通常所说的“民告官”，是解决行政纠纷的一项重要制度。

3。土地征收纠纷中的民事诉讼

在土地征收纠纷中，大部分诉讼属于行政诉讼，很少有民事诉讼，但并不是所有的程序都需要行政诉讼，有时也可以采取民事诉讼程序。比如对于非法占用土地的行为，可以从民事的角度起诉民事侵权，要求停止侵权损害赔偿和恢复原状。对于已经签订的土地补偿协议，如果在签订协议过程中存在胁迫等手段，将从民事诉讼的角度起诉解除协议。