自离不发工资是违法的也是不合理的行为。如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。如果单位拒不支付工资的，员工可以向劳动局申请劳动仲裁。

一、员工擅自离职怎么办

员工擅自离职的处理方法如下：

1、如果员工擅自离职的行为严重违反了用人单位的规章制度，用人单位可以单方面解除劳动合同，不需要支付经济补偿；

2、如果员工违法解除劳动合同给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。

一、员工擅自离职的后果如下：

1、劳动者违反相关法律规定的条件解除劳动合同或者违反劳动合同中约定的保密事项，对用人单位造成经济损失的，应当依法承担赔偿责任；

2、劳动者违反规定或劳动合同的约定解除劳动合同，对用人单位造成损失的，劳动者应赔偿用人单位招收录用其所支付的费用、用人单位为其支付的培训费用，双方另有约定的按约定办理。对生产、经营和工作造成的直接经济损失，劳动合同约定的其他赔偿费用；

3、擅自离职的，用人单位没有办理人事关系和档案的调转手续。职工离职后人事关系和档案长期滞留在原用人单位，会造成职工在新的工作单位不能办理正常的录用手续，拿不到包括档案在内的个人材料，也不能缴纳劳动保险。

二、严重违反公司规章制度的情形如下：

1、故意泄露公司机密，侵占公司财产；

2、故意损毁公司及员工个人资产、财产或各种设备、设施；

3、以及煽动、鼓动员工罢工、怠工等情形。

总之，职工自动离职属于违法解除劳动合同，对用人单位造成损失的，劳动者应当按照规定承担赔偿损失的责任。职工解除劳动关系应当严格按照规定，提前三十日以书面形式向用人单位提出。

三、员工擅自离职怎么赔偿

1、如果劳动者没有提前30天书面通知单位辞职，可能需要赔偿单位由此造成的损失（如果合同中有约定），如临时招聘新人所要花费的招聘费用。

2、如果签订了培训协议，需要根据协议约定向单位支付因提前离职所应支付的违约金。

3、如果签订了保密协议，并且劳动者违反了保密协议的保密约定，需要向单位支付违约金。

4、如果劳动者未与原单位解除劳动合同，而直接到新单位工作，给原单位造成损失的，原单位可以要求劳动者与新单位一并支付其损失。