可以。对跨行政区域的涉嫌环境污染犯罪案件，上级公安机关认为必要时，可以指定管辖或者直接侦办，打破地方干扰和保护。

刑事诉讼法关于制定管辖的分类

1.由上级人民法院以指定的方式确定管辖不明的案件的管辖权

管辖不明的情况，诸如刑事案件发生在两个人民法院管辖范围的交界处，而两个人民法院管辖的范围的行政区划没有确切的界限，犯罪地不能确定，这样形成互争管辖或互相推诿现象。在这种情况下，应当由争议各方在审限内协商解决;协调不成的，由争议的人民法院分别逐级报请共同的上级人民法院指定管辖。

2.由上级人民法院以指定的方式改变管辖权

实践中有时会出现有管辖权的人民法院不宜行使审判权的情况，包括本院院长需要回避的案件，因案件在该人民法院审判受到严重干扰而不能很好地行使审判权等情形。在这种情况下，应当由上级人民法院指定管辖。

最高人民法院《解释》第19条规定：上级人民法院指定管辖的，应当将指定管辖决定书分别送达被指定的人民法院和其他有关的人民法院。原受理案件的人民法院，在收到上级人民法院指定其他人民法院管辖决定书后，不再行使管辖权。对于公诉案件，应当书面通知提起公诉的人民检察院，并将全部案卷材料退回，同时书面通知当事人;对于自诉案件，应当将全部案卷材料移送被指定管辖的人民法院，并书面通知当事人。[1]

处理方法

刑事诉讼法实践中对于管辖有异议后指定管辖的案件，一般有两种处理方法：一是在对该案件侦查终结后，将案件移交犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安机关，由该公安机关移送相应的检察机关提起公诉；二是被指定立案侦查的公安机关报请其上一级公安机关与该市中级法院协商后，中级法院指定该市某基层法院管辖，并通知与中级法院对应的市检察院，市检察院再通知相应的基层检察院。

《刑事诉讼法》第23条上级人民法院在必要的时候，可以审判下级人民法院管辖的第一审刑事案件；下级人民法院认为案情重大、复杂需要由上级人民法院审判的第一审刑事案件，可以请求移送上一级人民法院审判。

最高人民法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释：

第17条两个以上同级人民法院都有权管辖的案件，由最初受理的人民法院管辖。尚未开庭审判的，在必要的时候，可以移送被告人主要犯罪地的人民法院审判。对管辖权发生争议的，应当在审限内协商解决；协商不成的，由争议的人民法院分别逐级报请共同的上一级人民法院指定管辖。

第18条有管辖权的人民法院因案件涉及本院院长需要回避等原因，不宜行使管辖权的，可以请求上一级人民法院管辖；上一级人民法院也可以指定与提出请求的人民法院同级的其他人民法院管辖。

第19条上级人民法院指定管辖的，应当将指定管辖决定书分别送达被指定管辖的人民法院和其他有关的人民法院。原受理案件的人民法院，在收到上级人民法院指定其他人民法院管辖决定书后，不再行使管辖权。对于公诉案件，应当书面通知提起公诉的人民检察院，并将全部案卷材料退回，同时书面通知当事人；对于自诉案件，应当将全部案卷材料移送被指定管辖的人民法院，并书面通知当事人。

第22条上级人民法院在必要的时候，可以将下级人民法院管辖的案件指定其他下级人民法院管辖。