员工违反竞业限制协议，并无明确规定违约金的计算。

双方有约定的从约定，没有约定的根据原公司的损失、公平原则来确定违约金。通常情况下，可以参考如下方式计算以商业秘密被侵害遭受的实际损失作为赔偿额如商业秘密被泄露后客户的丢失，导致应当签订的合同没有履行，为此造成损失的赔偿额。以违约人违反约定所获得的全部收益作为赔偿额比如原先约定好的合作方，被违反竞业限制约定的员工挖走，因此给原公司带来的利益损失。

股东违反竞业禁止赔偿的标准

股东违反竞业禁止赔偿的标准在法律中并未做出规定，当事人可以通过协商自行确定。但是平时支付的费用不能作为竞业限制的经济补偿。在工资中划出一部分作为保密费或竞业限制的做法是没有根据的，因为国家对工资是有严格规定的。

根据国务院转发的国家统计局《关于工资总额组成的规定》的相关内容规定：工资总额由下列六个部分组成：

（一）计时工资；

（二）计件工资；

（三）奖金；

（四）津贴和补贴；

（五）加班加点工资；

（六）特殊情况下支付的工资。

同时，在《关于工资总额组成的规定》的相关内容规定：“特殊情况下支付的工资。包括：

（一）根据国家法律、法规和政策规定，因病、工伤、产假、计划生育假、婚丧假、事假、探亲假、定期休假、停工学习、执行国家或社会义务等原因按计时工资标准或计时工资标准的一定比例支付的工资；

（二）附加工资、保留工资。”从这些规定中可以看出，保密费不属于工资的组成部分。如果用人单位的商业秘密确需特殊保护，建议将保密费单列作为企业的一项独立费用支出。

有关限制的经济补偿的规定很明确地说“约定在终止或者解除劳动合同后，给予劳动者经济补偿。”也就是说，竞业限制的经济补偿只能在合同终止或解除合同后给予，如果在事先给付的费用，是不能作为竞业限制的经济补偿。

《中华人民共和国劳动合同法》

第二十三条，负有保密义务的劳动者在终止或解除劳动合同后的一定期限内不得在生产同类产品、经营同类业务或有其他竞争关系的用人单位任职，也不得自己生产与原单位有竞争关系的同类产品或经营同类业务。如果劳动者违反了该义务，就要依照约定承担违约金责任。