(一)启动程序不同

医疗技术鉴定是由属地的卫生行政部门委托启动鉴定程序，解决是否属于医疗事故的问题，是否赔偿调解问题。医疗技术鉴定可由双方当事人共同委托启动鉴定程序，双方当事人共同委托的鉴定属于自行鉴定。司法鉴定是独立于行政鉴定和自行鉴定之外的一种鉴定，由双方当事人共同申请，由法官启动。

(二)鉴定人员组成不同

医疗鉴定人员由属地省级医学会组建省级医学专家库，地市级医学会组建属地的市级医学专家库，鉴定人员是医学专家。司法鉴定人员是由司法机构的法医主持鉴定，聘请临床医学专家参与。

(三)鉴定的组织者不同

医疗鉴定由属地的医学会负责组织，并承担鉴定事务，司法鉴定组织者是属地的司法鉴定机构。

(四)鉴定的内容与目的有不同

医疗鉴定多注重是否属于医疗事故的认定，司法鉴定重在解决医疗行为是否有过错，这种过错与损害后果是否有因果关系。

(五)鉴定的监督机制不同

医疗鉴定的监督：一是由属地的医学会对鉴定专家进行资格审查，二是属地卫生局对专家出具的鉴定文书进行审查，三是属地的上级卫生行政部门再次组织鉴定。司法鉴定的监督主要是属地的行政监督和司法监督。

一、医疗纠纷鉴定的费用缴纳

委托医学会进行医疗事故技术鉴定，应当按规定缴纳鉴定费。若双方当事人共同委托医疗事故技术鉴定的，由双方当事人协商预先缴纳鉴定费。卫生行政部门移交进行医疗事故技术鉴定的，由提出医疗事故争议处理的当事人预先缴纳鉴定费。经鉴定属于医疗事故的，鉴定费由医疗机构支付；经鉴定不属于医疗事故的，鉴定费由提出医疗事故争议处理申请的当事人支付。

县级以上地方卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告后，对需要移交医学会进行医疗事故技术鉴定的，鉴定费由医疗机构支付。

重新鉴定时不得收取鉴定费。

医疗鉴定的时间期限：

负责组织医疗事故技术鉴定工作的医学会应当自受理医疗事故技术鉴定之日起5日内通知医疗事故争议双方当事人提交进行医疗事故技术鉴定所需的材料。当事人应当自收到医学会的通知之日起10日内提交有关医疗事故技术鉴定的材料、书面陈述及答辩。负责组织医疗事故技术鉴定工作的医学会应当自接到当事人提交的有关医疗事故技术鉴定的材料、书面陈述及答辩之日起45日内组织鉴定并出具医疗事故技术鉴定书。也就是说如果是现在申请鉴定，医学会正式受理后60日内应该拿到鉴定书。