税务登记证不会自动注销。未按时缴税的，会被列入非正常户。非正常户注销的流程如下：

1、去当地办税服务费大厅提交注销申报表，缴纳税款、滞纳金及罚款。

2、提供纳税情况和解除非正常状态的理由的情况说明书一份，盖上公章。

3、到电子税务局终止非正常户申请。

4、提交申请并等待审核。

5、受理通过后，税务局就会下发《解除非正常户通知》。

一、税务注销需要什么资料

根据相关规定已实行五证合一登记模式的企业办理注销登记，须先向税务主管机关申报清税，填写《清税申报表》。税务机关确认纳税人结清所有税务事项后，向纳税人出具《清税证明》，提示其凭《清税证明》办理工商登记注销。也就是说，“五证合一”变更后，纳税人办理注销事宜时也不需要提供税务登记证(正、副本)。此外，办理税务注销还应需要下列材料：1、发票：所有未使用的空白发票需要在办理业务前一天作废。2、报税：在办理业务当天进行税控盘抄报。3、三方协议：国税大厅填写“终止实时缴税协议申请表”，之后到开户银行终止三方协议。4、申报：当月增值税报表、当季所得税报表、当季财务报表、当年所得税报表、当年财务报表、清算所得税申报。5、提供资料：地税注销证明、未使用的发票、股东会决议、税控设备、公章及法人章(用于填制《注销税务登记申请审批表》)。

二、公司不注销3年后会怎样

根据相关规定，原公司在注销之前，法人资格仍然存在不变，原债务债权仍由原公司承当，同时长期未关门注销企业影响范畴将扩展至企业法人个人征信项目，其影响涉及被工商局列入黑名单，在3年内无法使用本人的名字再注册其他公司;个人信誉不良记录也将保持7年;税务机构进行大数额罚款;往后也不可以再创办其他公司;出国旅游护照也会遭到严重影响。公司长期不注销，放任不管企业将会纳入工商非正常运营名单、税务黑名单。纳入非正常运营名单后仍然不处置，营业执照将会被吊销。法人将不可以担当新公司的法人、高管、股东，想在新公司担当股东、高管，需求先进行税务项目处置，进入诚信名单后才可以。法人、股东将无法出国、无法在高等场合消费无法乘坐高铁、飞机等高端交通工具，法人、股东将无法办理移民手续，股东将无法贷款，个人诚信度大打折扣，鉴于以上均属于公司长期不注销所带来的严峻后果，建议将长期不用的公司转让或者注销，以避免公司长期不注销所带来的损失。