1、股东与股东之间因出资产生的股权确认纠纷。

股东与股东之间因出资产生的股权确认纠纷通常是指隐名出资的情况，即一般股东以他人名义出资，由他人作为挂名股东，但实际出资资金来源于该隐名股东。隐名股东与挂名股东之间签订隐名出资协议，约定挂名股东不享有实际权利，一切权利归隐名股东所有。当双方就隐名出资协议的效力发生争议时，就会出现股东确认纠纷。

2、股东与股东之间因股权转让产生的股权确认纠纷。

股权转让双方因为过失或者其他原因，在股权转上过程中没有履行法定的变更登记手续，或者没有交付股票或出资证明书。依据《公司法》的规定，公司股东名字须记载于股东名册。有限责任公司股东名字还须记载于公司章程，并属于工商登记事项。股份有限公司发起人名字为工商登记事项和公司章程应记载事项。在确认股东身份时，以上述文书或登记簿为准。因此，当股东转让股权时，必须按照上述规定作相应的变更登记。如果未变更登记，日后就可能发生股权确认纠纷。再者，无记名股票具有证权证券的性质，股东可以凭借其所持有的无记名股票向公司主张股权，如果无记名股东转让股权时未交付无记名股票，则受让人无法证明其股权之存在，从而可能发生股权确认纠纷。

3、股东与公司之间的股权确认纠纷。

有时股东与他人之间不存在股权归属争议，但公司不承认股东享有股权。《公司法》规定公司应当备置股东名册，股东可以凭借股东名册上的记载，证明其股东身份，从而向公司主张权利，股东也可以凭借股东名册的记载，向他人主张其股东身份，拒绝他人的不合理请求，如果在出资或者股权转让中没有对股东名册进行相应记载，公司可以拒绝实际出资人或者股权受让人主张股权，这样也会产生纠纷引发诉讼。

根据法律关系可分为内部关系的股权确认之诉、外部关系的股权确认之诉。内部关系包括：隐名股东与其他股东之间挂名股东与实际股东之间。在内部关系中确认股权，应当坚持民法上的真实意思主义，探究当事人之间的真实意思，并依据该意思对股权进行判断。外部关系包括：因增资扩股引起的新股东与公司之间的关系;因公司的债务引起的公司债权人与股东之间的关系。