1、缴费主体不同。医保是城镇职工缴纳的，农村合作医疗是农民缴纳的；2、费用不同。医保具有强制性，按照职工工资的一定比例收取，农村合作医疗是农民自愿参加，费用一般固定；3、缴纳方式不同。医保是单位和职工一起缴纳的，而且单位缴纳大部分，职工只缴纳小部分。农村合作医疗是农民自己缴纳的。

农村合作医疗保险是从哪年开始的？

农村合作医疗保险是从2003年开始的。

新型农村合作医疗制度从2003年起在全国部分县（市）试点，到2010年逐步实现基本覆盖全国农村居民。农村合作医疗保险，是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。

农村医疗保险采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。农村合作医疗由我国农民自己创造的互助共济的医疗保障制度，在保障农民获得基本卫生服务、缓解农民因病致贫和因病返贫方面发挥了非常重要的作用。

农村合作医疗保险作用如下：

1、农村合作医疗可以减轻患者的家庭经济负担，让参合人员享受大病保险跨省就医补偿政策。农村合作医疗参合人员可以享受基本的医保补偿费用、大病保险补偿费用和总补偿费用。简而言之，当参合人员患有大病时，国家会根据患者的病种给予一定的费用报销；

2、农村合作医疗采用按病种付费、按人头付费、按床日付费等多种复合型支付方式，为参合人员提供相应的医疗保障。参合人员不仅可以在省内就医报销，还可以在跨省定点就医结报费用；

3、农村合作医疗提供的大病保障有儿童急性淋巴细胞白血病、儿童急性早幼粒细胞白血病、儿童先天性心脏房间间隔缺损、儿童先天性心脏室内间隔缺损、食管癌、胃癌、结肠癌、直肠癌、终末期肾病等疾病；

4、农村合作医疗实行按病种付费，结合临床路径管理，逐步扩大按病种付费对大病病种的覆盖面。农村居民参与农村合作医疗后，如果患有相关重大疾病，国家将给予就用费用的报销，减轻参合人员的大额度医疗费用产生的经济压力；

5、农村合作医疗实行后，减少了农村居民有病不就医、有病不愿医的情况。

《中华人民共和国社会保险法》第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。