非法经营扰乱金融秩序的按照非法经营罪进行处罚。如下：

《刑法》第225条规定：

违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：

(一)未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专场物品或者其他限制买卖的物品的。

(二)买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的。

(三)未经国家有关主管部门批准，非法经营证券、期货或者保险业务的。

(四)其他严重扰乱市秩序的非法经营行为。

单位犯本节第二百二十一条至第二百三十条规定之罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照本节各该条的规定处罚。

一、非法经营罪的立案标准是什么

根据最高人民检察院、公安部《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》的有关规定，对非法经营案，符合下列情形之一的，应当追诉：根据最高人民检察院、公安部关于经济犯罪案件追诉标准的规定，法经营数额在五十万元以上，或者违法所得数额在十万元以上的。

第一、违反国家规定，采取租用国际专线、私设转接设备或者其他方法，擅自经营国际电信业务或者涉港澳台电信业务进行营利活动，涉嫌下列情形之一的，应予追诉：

1、经营去话业务数额在一百万元以上的；

2、经营来话业务造成电信资费损失数额在一百万元以上的；

3、虽未达到上述数额标准，但因非法经营国际电信业务或者涉港澳台电信业务，受过行政处罚二次以上，又进行非法经营活动的。

第二、非法经营外汇，涉嫌下列情形之一的，应予追诉：

1、在外汇指定银行和中国外汇交易中心及其分中心以外买卖外汇，数额在二十万美元以上的，或者违法所得数额在五万元人民币以上的；

2、公司、企业或者其他单位违反有关外贸代理业务的规定，采用非法手段，或者明知是伪造、变造的凭证、商业单据，为他人向外汇指定银行骗购外汇，数额在五百万美元以上的，或者违法所得数额在五十万元人民币以上的；

3、居间介绍骗购外汇，数额在一百万美元以上或者违法所得数额在十万元人民币以上的。

第三、违反国家规定，出版、印刷、复制、发行非法出版物，涉嫌下列情形之一的，应予追诉：

1、个人非法经营数额在五万元以上的，单位非法经营数额在十五万元以上的；

2、个人违法所得数额在二万元以上的，单位违法所得数额在五万元以上的；

3、个人非法经营报纸五千份或者期刊五千本或者图书二千册或者音像制品、电子出版物五百张(盒)以上的，单位非法经营报纸一万五千份或者期刊一万五千本或者图书五千册或者音像制品、电子出版物一千五百张(盒)以上的。

第四、未经国家有关主管部门批准，非法经营证券、期货或者保险业务，非法经营数额在三十万元以上，或者违法所得数额在五万元以上的，应予追诉。

第五、从事其他非法经营活动，涉嫌下列情形之一的，应予追诉：

1、个人非法经营数额在五万元以上，或者违法所得数额在一万元以上的；

2、单位非法经营数额在五十万元以上，或者违法所得数额在十万元以上的。