首先，应分清丢失发票的责任，如是销售方的责任，应接受税务机关作出的未按规定保管发票的处罚，如是购买方的责任，要求对方出具丢失发票的说明或主管税务机关对其未按规定保管发票行为的处罚证明，然后分下列情况处理：销售方丢失增值税专用发票的：（1）丢失的空白未开具的增值税专用发票的，首先按规定程序向销售方当地主管税务机关、公安机关报失，接受税务机关处罚；其次，由主管税务机关代收取“挂失登报费”，并将丢失专用发票的纳税人名称、发票份数、字轨号码、盖章与否等情况，统一传（寄）中国税务报社刊登“遗失声明”。（2）销售方丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联的，待申报、报税后向主管税务机关申请出具《丢失增值税专用发票已报税证明单》，并把该证明和丢失发票的记账联复印件交购买方抵扣。（3）销售方丢失已开具专用发票的抵扣联、发票联其中一联（两联没有全部丢失）的：可让购买方使用未丢的联次到主管税务机关认证和记帐，复印件留存备查。购货方丢失增值税专用发票的：（1）如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；（2）如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。

虚开增值税什么是知情

（一）认定纳税人存在虚开，必须同时证明发票为虚开，且纳税人对虚开发票具有恶意

分析本案二审、再审裁定的说理部分，法院认定税务机关处罚依据不足的核心观点很明确——虽然系争发票已经被证实属于虚开，但是税务机关没有证明纳税人对取得虚开的发票具有恶意，也即，税务机关没有排除纳税人善意取得虚开增值税专用发票的可能。

进一步演绎可以推导出，虚开发票构成逃税必须同时符合两个要件：（1）发票与实际经营业务情况不符（发票构成虚开，以下简称客观要件）；（2）纳税人对取得虚开的发票具有恶意（以下简称主观要件），缺一不可。

（二）当税务机关无法明确证明纳税人满足虚开的主客观要件时，即使不能证明符合善意取得虚开发票的构成要件，也应当作善意推定。

从行政执法的一般原则出发，在无法证明满足要件的情况下，应当推定要件不成立；故税务机关不能证明纳税人为恶意的情况下，应当推定纳税人为善意取得虚开发票。然而，由于《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》对善意取得的规定仅局限于能够确认购货方与销售方存在真实的交易等四个要件均满足的情形，导致税务机关不能确认交易是否真实的情况下，有时会对纳税人作出恶意推定。

《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号）规定，购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。

上述法规明确规定构成善意取得的前提有四：（1）购货方与销售方存在真实的交易；（2）销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票；（3）专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符；（4）没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。但法规对不能证明上述四个前提成立、也不能证明上述四个前提不成立的情况却未作规定。这就导致举证责任的界限出现模糊，税务机关可能理解为只有纳税人能够证明存在真实交易的情况下才构成善意取得。本案中，税务机关就采取这种思路，在不能查明究竟是否符合善意取得虚开发票的情况下作了不利于纳税人的推定。

本案二审、再审判决都通过判决书都对上述问题作出了明确。在税务机关仅能证明发票存在虚开，而不能证明纳税人主观对取得虚开发票具有恶意的情况下，法院认为葫芦岛国税稽查局也没有提供证据证明当月前进化工厂的原料不是从出具发票的公司供货，将纳税人推定为善意取得虚开发票，其后果仅为不得抵扣；已抵扣的予以追缴。可以理解为，善意取得虚开的发票，其实不严格局限于相关证据能够证明纳税人满足四个前提的情况，而是只要税务机关不能证明构成虚开，一律推定为善意取得。

（三）虽然本案中销售方已被证实虚开，但开票双方一方构成虚开仅能证明发票与实际业务不符的客观要件，不能证明另一方存在虚开的主观要件

本案中，法院认定销售方存在虚开主要是依据长治市税务机关出具的有关销售方虚开发票的证明材料。笔者推测该材料应该是指《已证实虚开通知单》。《已证实虚开通知单》国家税务总局《税收违法案件发票协查管理办法（试行）》（税总发〔2013〕66号）。委托方对自己立案查处的发票应当是确证了属于虚开发票，即有充分的证据证明其查处的发票是虚开的。因此，文件要求委托方在发出本公函时，应当同时发出相应的证据资料。但这《已证实虚开通知单》只能证明开票方的发票属于虚开发票，而不能证明与此发票相关联的纳税人必然具有虚开发票行为。根据文件的要求，受托方接收《已证实虚开通知单》之后，应当按照《税务稽查工作规程》有关规定对相关联的纳税人立案检查，并依据调查取证所掌握的情况及所获取的证据材料向委托方出具《税收违法案件协查回复函》。因此，根据文件的要求，《已证实虚开通知单》只是受托方立案的依据。

本案中法院也认为，在现有证据不能证明双方无真实交易，且没有证据证明受票方有让他人为自己虚开发票或明知发票系以非法手段取得。若仅以受票方取得了虚开的发票或失控发票，则认定其构成偷税行为，将产生事实不清、证据不足问题，也与当下中央要求改善营商环境的政策相违背。

《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十一条规定，使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。