香港为中华人民共和国的一个单独关税区，香港海关不受内地海关总署的管辖。

一、香港海关历史及简介

香港海关前身为出入口管理处，成立于1909年，初期主负责保障税收的工作。1949年出入口管理处与物料供应署、贸易署及工业署合并成工商署。1962年成立工商署缉私队，1977年改称香港海关，部门首长称为海关总监。1982年8月1日成为独立的政府部门。香港回归后，海关总监改称为海关关长，进一步成为香港的主要官员之一，须由行政长官提名，报请中央人民政府任命。现任香港海关关长为袁铭辉。海关关长除向保安局局长负责外，亦同时向商务及经济发展局局长和财经事务及库务局局长负责。

二、主要职责

-进口及出口清关

-进口及出口报关

-征税

-受理牌照及许可证之申请

-保障消费者权益及执行相关法例

-保护知识产权工作及执行相关法例

-毒品管制

三、机构设置

截至2009年5月1日，香港海关的编制为5592个职位;其中9个属首长级职位，4489个为香港海关部队职位，459为贸易管制主任职系职位，而一般及共通职系职位则共占635个。

香港海关的首长为海关关长，由一名海关副关长协助处理部门事务，另五名首长级人员分别掌管辖下五个工作单位。五个工作单位包括：行政及人力资源发展处（AD分处）、边境及港口处（BP分处）、税务及策略支援处（ES分处）、情报及调查处（II分处），及贸易管制处。

行政及发展处：负责内务行政、财务管理、人力资源管理和行政支援服务等工作。

边境及港口处：负责所有关于出入境管制站管制和便利清关职能的事宜、以及负责管辖机场科、陆路边境口岸科、铁路及渡轮口岸科、港口及海域科及特别职务队。

现时的海关总部和各个科系的办事处及设施分布在香港不同地点和地区。这项安排影响海关的行动效率、令人关注保安问题，并对有需要亲身使用海关服务的市民造成不便。因此政府在北角渣华道与电照街交界兴建新海关总部大楼。新总部楼高34层，提供约28,000平方米的楼面面积，可以容纳1,800多名海关人员一同工作。2007年10月动工，预计2010年落成。