2、对证据不足的处理不够完善。我国刑法所规定的告诉才处理的案件主要是侵犯个人利益而且被害人与侵害人往往具有特殊的人身关系，国家不主动对此类案件进行刑事追诉，主要是从尊重社会伦理及维护和谐的长幼、尊卑关系。但告诉才处理的自诉案件就其复杂程度，举证的难易程度及社会危害性，并不一定比公诉案件简单或轻微。如侵占罪的最高法定刑为有期徒刑五年，远比一般轻伤害要重;虐待罪取证之困难也不比普通伤害罪容易。《解释》第一条只规定了对第二类自诉案件证据不足，应移送公安机关，而对告诉才处理自诉案件，如果证据不足，自诉人本人无法补充的，没有规定人民法院应移送公安机关，刑事诉讼法也没有规定被害人对个人无法取证的告诉才处理的案件可以要求公安机关起动侦查程序，这不利于保护被害人合法权益。3、没有对共同侵害人一并提起诉讼视为放弃告诉权利，是对自诉人权利的损害。我国刑事诉讼没有缺席审判制度，如果共同侵害人部分在逃，那么自诉人只起诉没有在逃的侵害人应当是允许的，但不能认为对在逃的同案人员放弃告诉权利。所以对共同侵害人不能不加区分地一概视为放弃告诉权利。对在逃无法提起自诉的，应保留其自诉权利。4、对第三类自诉案件的受理条件规定过于严格。司法实践中，很多被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的案件，公安机关或者人民检察院既不立案也不向被害人出具不予追究的书面决定，造成被害人不能直接向人民法院起诉，不利于保护被害人的合法权益。5、公安机关发现自己立案侦查的刑事案件系告诉才处理的自诉案件，如何与被害人及法院衔接无明确规定。关于告诉才处理的自诉案件，公安机关先按公诉案件立案侦查后发现系自诉案件的如何处理?法律没有明确规定。刑诉法第十五条只是规定，依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的，应当撤销案件(侦查阶段)。那么被害人已经告诉，只是不属公诉案件，在侦查阶段是否应撤销案件呢?在《公安机关办理刑事案件程序规定》第一百六十八条规定的撤销案件的情形中，没有关于发现是自诉案件立为公诉案件的情形，并且在此条第(六)项兜底条款中，只是规定“其他依法不追究刑事责任的”，可以撤销案件。而按照现行法律的规定，公安机关撤销案件后，被羁押的嫌疑人应当立即释放。实践中，由于基层司法机关办案经费严重不足，一些长期在逃的犯罪嫌疑人一般都是由被害人提供线索和经费才抓捕归案的，如果公安机关发现系自诉案件撤销案件立即释放犯罪嫌疑人，而被害人向法院提起自诉时，犯罪嫌疑人已逃跑，将严重损害被害人的利益。