违法销售商品的违法所得按违法销售商品的销售收入扣除所售商品的购进价款计算。

应该是销售收入—销售的所有成本，才是非法所得。但在，在实际操作中，除非重特大案件，普通案件直接用(销售价—进货价)*销售数，来计算非法所得。

实际上，在食品案件处罚过程中，非法所得当然要没收，但不是关键。做为被处罚者来说，非法经营额才是关键。因为在处罚过程中，非法所得一般来说可以隐瞒，除非你有完整的财务制度可查。但非法经营额无法隐瞒，而且罚款是按非法经营额计算的。

《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》：

第二条工商行政管理机关认定违法所得的基本原则是：以当事人违法生产、销售商品或者提供服务所获得的全部收入扣除当事人直接用于经营活动的适当的合理支出，为违法所得。

本办法有特殊规定的除外。

第三条违法生产商品的违法所得按违法生产商品的全部销售收入扣除生产商品的原材料购进价款计算。

第四条违法销售商品的违法所得按违法销售商品的销售收入扣除所售商品的购进价款计算。

第五条违法提供服务的违法所得按违法提供服务的全部收入扣除该项服务中所使用商品的购进价款计算。

第六条违反法律、法规的规定，为违法行为提供便利条件的违法所得按当事人的全部收入计算。

第七条违法承揽的案件，承揽人提供材料的，按照本办法第三条计算违法所得;定做人提供材料的，违法所得按本办法第五条计算。

第八条在传销违法活动中，拉人头、骗取入门费式传销的违法所得按当事人的全部收入计算;团队计酬式传销的违法所得，销售自产商品的，按违法销售商品的收入扣除生产商品的原材料购进价款计算;销售非自产商品的，按违法销售商品的收入扣除所售商品的购进价款计算。

第九条在违法所得认定时，对当事人在工商行政管理机关作出行政处罚前依据法律、法规和省级以上人民政府的规定已经支出的税费，应予扣除。

第十条本办法适用于工商行政管理机关行政处罚案件“非法所得”的认定。法律、行政法规对“违法所得”、“非法所得”的认定另有规定的，从其规定。政府规章对“违法所得”、“非法所得”的认定另有规定的，可以从其规定。