新农合不会重复缴费。新农合缴费的流程如下：

1、参保人员在新就业地按规定建立基本养老保险关系和缴费后，参保员向新参保地医保经办机构提出基本养老保险关系转移接续的书面申请；

2、新参保地医保经办机构在15个工作日内，审核转移接续申请，对符合本办法规定条件的，向参保人员原基本养老保险关系所在地的社保经办机构发出同意接收函，并提供相关信息，医疗保险最少需要交纳25年，并在达到退休年龄时就医疗报销优惠。

一二三档农合区别如下：

1、就医原则不同：

（1）一档参保人，市内任一定点医疗机构就医；

（2）档参保人，门诊在绑定社康中心就医，住院在市内任一定点医疗机构就医，门诊大病在规定医疗机构就医；

（3）三档参保人，门诊在绑定社康中心就医，住院及门诊大病在规定医疗机构就医。

2、普通门诊待遇不同：

（1）一档参保：人个人账户用于支付参保人普通门诊医保目录范围内的医疗费用。社康中心的基本医疗费用，70％由个人账户支付，30％由统筹基金按规定支付；

（2）二档参保人／三档参保人：

属于甲类药品和乙类药品的，分别由社区门诊统筹基金按80％和60％的比例支付；属于医保目录的单项诊疗或医用材料的，由社区门诊统筹基金支付90％，但最高支付金额不超过120元；社区门诊统筹基金支付给每位二档、三挡参保人的门诊医疗费用在一个医疗保险年度总额不超过1000元。

3、住院待遇不同：

（1）一档参保人：住院发生的基本医疗费用和地方补充医疗费用起付线以上部分按规定支付95％或90％。

（2）二档参保人／三档参保人：可到绑定的社康中心结算医院住院，或经结算医院转诊到规定医院住院，所发生的基本医疗费用和地方补充医疗费用，在住院起付线以上的部分报销比例为：一级医院：85％，二级医院：80％，三级医院：75％。

法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第五十八条

用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。

自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。

国家建立全国统一的个人社会保障号码。个人社会保障号码为公民身份号码。

第二十八条

符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。

如果不交新农合会怎样呢

如果不交新农合会影响医疗费用的报销，具体如下：

1、影响农民住院报销，如果不断缴，农民生病住院只要达到了报销标准就会给报销一定比例的医药费，如果断缴了就失去了这方面的权利；

2、买药要自费。交了新农合农民就可以使用保障卡到药店买药，如果断缴，保障卡就失效了，农民买药只能自费；

3、会影响后续新农合的上缴。如果年年上缴，新农合方面就会有个良好的记录，而如果中间断缴了，后续想续交就会比较麻烦，可能需要相关的证明。相关的办理程序：

（1）本人申请并积极缴纳合作医疗款；

（2）村委会审核并向镇合管站提交筹资花名册、筹资票据；

（3）镇合疗办复查，审核合疗筹资表，向县合疗中心提出申请签证；

（4）县合疗经办中心审核无误后，办理签证、盖章、登录，确认。

法律依据：《中华人民共和国保险法》第二十四条

保险人依照本法第二十三条的规定作出核定后，对不属于保险责任的，应当自作出核定之日起三日内向被保险人或者受益人发出拒绝赔偿或者拒绝给付保险金通知书，并说明理由。

第二十五条

保险人自收到赔偿或者给付保险金的请求和有关证明、资料之日起六十日内，对其赔偿或者给付保险金的数额不能确定的，应当根据已有证明和资料可以确定的数额先予支付；保险人最终确定赔偿或者给付保险金的数额后，应当支付相应的差额。