《劳动争议调解仲裁法》第二十七条规定，“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。”“劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制;但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。”

劳动部《工资支付暂行规定》第六条第三款，“用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。”根据本规定能够推理出，单位对两年内工资发放情况负有举证义务。

根据以上规定，是否存在拖欠加班费的事实，在两年内的，举证责任在于单位;超过两年的，举证责任在于劳动者。因此，如果劳动者主张两年前的加班费，就应搜集证据对两年前的考勤、工资支付等相关情况进行举证，否则会承担举证不能的不利后果。但财政部发布的《国家档案局令第79号——会计档案管理办法》中，第十四条：会计档案的保管期限分为永久、定期两类。定期保管期限一般分为10年和30年。其中就有企业银行对账单等需保管10年的规定。笔者认为，根据工资支付凭证保存期为两年的规定，用人单位在这一保存期限内负有保存义务。用人单位履行了保存工资凭证义务，仅表明用人单位完全履行了保存期限内工资凭证所证明的已支付相应劳动报酬这一事实。而在此两年期间之前或之后的工资支付义务(而不是保存义务)并不能当然免责。

2005年劳动和社会保障部《关于确立劳动关系有关事项的通知》(劳社部发〔2005〕12号)第二条规定“用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：(一)工资支付凭证或记录(职工工资发放花名册)、缴纳各项社会保险费的记录;(三)劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”“报名表”等招用记录;(四)考勤记录;其中，(一)、(三)、(四)项的有关凭证由用人单位负举证责任”。这是我国劳动争议相关法律法规第一次对劳动争议案件举证倒置的规定。2001年4月30日施行的《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》第十三条规定“因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任”。这是我国司法解释关于劳动争议案件中举证责任倒置的一般规定。《证据规定》第六条规定“在劳动争议纠纷案件中，因用人单位作出开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生劳动争议的，由用人单位负举证责任”。这是我国在民事诉讼中关于劳动争议案件适用举证责任倒置规则的规定。从上述规定中，可以看出，劳动争议纠纷案件中，工资支付凭证、社保记录、招工招聘登记表、报名表、考勤记录、开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬以及计算劳动者工作年限等都由用人单位举证，即劳动争议中关于上述内容的举证责任都是适用特殊的举证责任分配规则即举证责任倒置。