办理土地经营权有以下程序。1、准备前期资料。收集整理承包合同、土地台帐、登记簿、农户信息等资料，形成农户承包地登记基本信息表。处理国土二调或航空航天影像数据，形成用于调查和实测的基础工作底图。2、入户权属调查。根据基础工作底图和农户承包地登记基本信息表，入户实地进行承包地块权属调查，由农户进行确认。对存在争议的地块，待争议解决后再登记。3、测量或标注地块成图。对承包地块进行测量或标注和绘图，并标注地块编码和面积，形成承包土地地籍草图。4、公示审核。由村土地承包经营权登记工作组审核地籍草图后，在村内公示。对公示中农户提出的异议，及时进行核实、修正，并再次公示。公示无异议的，由农户签字确认后作为承包土地地籍图，由村上报所在乡（镇），汇总并核对后上报县政府。5、建立登记簿。县级农村土地承包管理部门按照统一格式建立土地承包经营权登记簿。土地承包经营权登记簿应当采用纸质和电子介质。为避免因系统故障而导致登记资料遗失破坏，应当进行异地备份。如果条件允许，应采取多种方式多地备份。6、发放承包经营权证书。依照土地承包经营权登记簿记载内容，发放农村土地承包经营权证书。7、资料归档。乡（镇）农村土地承包管理部门整理登记相关资料并归档。

一、农村土地承包经营权证登记的主要内容

1、农村土地承包经营权人姓名（名称）及基本情况（性别、出生年月）；2、农村土地承包经营权证名称和编号；3、承包经营期限和起止日期；4、发包农村土地的集体经济组织名称、土地区位、土地面积、土地用途；5、农村土地承包经营权变动情况；6、核发农村土地承包经营权证的机关及日期；7、其他应当注明的事项。

二、对于退耕还林和退田还湖的如何确权

对于退耕还林，农户如果领取了林权证的，本次不予确权登记颁证。如果没有领取林权证的，但领取了退耕还林补贴，应尊重农户自己的选择，是进行土地承包经营权确权还是等待领取林权证。对既没有领取林权证，也没有领取补贴的，应当进行确权登记颁证。对于退田还湖的，如果县级以上人民政府文件明文规定的，不进行确权登记颁证。