刑诉法确立了非法证据排除规则，同时也对瑕疵证据补正规则予以明确。

非法证据主要是指采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述等言词证据。

瑕疵证据是指不符合法定程序所收集的，在取证程序上存有瑕疵的物证、书证，也包括在取证程序上存有瑕疵的证人证言、讯问笔录等言词证据。

由于非法证据和瑕疵证据有许多相似之处，如都违反了法律对收集证据的规定，都欠缺证据的合法性要件等，往往难以区分，给司法实践带来一定困扰。

检察机关在刑事诉讼中承担着对证据合法性加以证明的责任，如何正确区分两者界限，对于准确适用非法证据排除规则与瑕疵证据补正规则具有重要意义。对于在审查中发现的问题证据到底是非法证据还是瑕疵证据，可从以下五个方面进行判断和区分。

侵犯的法益不同。非法证据是以刑讯逼供、暴力、威胁以及冻饿晒烤等精神折磨的方式为手段，通过直接侵犯公民宪法性基本权利特别是人身权而获得的。因此该违法取证行为既严重侵犯了公民的实体性权利和程序性权利，也妨害了司法机关的正常活动，严重违背了国家对人权的保障，严重影响了司法公正。而瑕疵证据多属程序性违法而非实质性瑕疵，如在制作证据笔录时出现的瑕疵。这种取证行为一般不直接侵犯公民基本权利，通常不会与程序正义产生严重抵触，也不损害实体公正，因而其侵犯的法益要远远小于非法证据。

证据的真实性不同。非法证据由于是侦查人员使用肉刑或变相肉刑等方法，迫使被讯(询)问人在肉体或精神上遭受疼痛或痛苦、恐惧等情况下作出的供述，严重剥夺了其陈述的自愿性，极有可能是背离案件事实真相的虚假供述。因证据的真实性无法得到保证，一旦被采信极易造成事实认定错误导致冤假错案发生。而瑕疵证据的取得尽管存在违法情形，但只是程序性违法，如侦查人员遗漏了在勘验、检查笔录上签名等，一般不会因程序上瑕疵而改变证据内容，不会对证据本身的真实性、客观性产生实质性影响。因而非法证据的真实性要明显小于瑕疵证据。

违法程度不同。非法证据强调的是取证方法的非法性，主要表现为以刑讯逼供、体罚虐待等法律明令禁止的方法，以严重侵犯公民基本权利的方式去获取证据。具有严重的社会危害性。其既违反刑事程序法，也可能触犯刑法构成刑讯逼供罪。而瑕疵证据则表现为取证程序的违法性，虽然侦查人员的行为违法，可能对办理案件的公正性造成损害，但经补正后不会严重影响司法公正。因而相对于非法证据，瑕疵证据的违法程度要轻微得多。

法律后果不同。非法证据侵犯公民基本权利，严重违背司法理念，违反刑事诉讼法基本原则，其造成的后果无法通过事后补救得以修复，因而不具有可逆性和可补救性，不存在补正或合理解释的可能，其自始不具有证明能力，不能作为定案的根据，一经发现应当一律排除。而瑕疵证据虽不能直接作为证据使用，但如通过补正，其原有的证据合法性瑕疵得以消除，就具备了证据资格，具有了证据的法律效力，是可以作为证据使用的。只有不能补正或无法作出合理解释时，才予以排除。需要说明的是，并非所有经过补正的瑕疵证据都能作为证据使用，对于那些虽然经过补正，但仍无法排除虚假证据可能的，也应当予以排除。

适用规则不同。非法证据适用强制排除规则，因其严重违背国家人权保障价值理念，助长侦查机关违法取证行为，容易导致冤假错案，严重损害司法公正，无论其内容是否真实可靠都必须绝对排除，一律不得作为证据使用，没有任何自由裁量的余地。而瑕疵证据则适用补正规则，因其欠缺证据合法性要件，其证明能力处于待定状态，应当给予侦查机关补正机会。如经重新取证、补充完善等补救措施，或作出符合常理及逻辑的解释，最终能修复取证程序上的瑕疵，其就可转化为合法证据，就能作为定案的根据。只有在补正不能的情况下，才予以排除。