证人因正当理由不能出庭时证言有效。根据相关法律规定，当事人申请证人出庭作证，法院在对申请审查后，发现证人出庭确有必要或者是有影响，应当履行出庭作证的义务。如果证人确有正当理由不出庭作证的，经过法院同意，可以向本愿提交证人证言，其证言将综合案件其他证据综合进行评判。

证人没有正当理由拒绝出庭或者出庭后拒绝作证，法庭对其证言的真实性无法确认的，该证人证言不得作为定案的根据。也就是说并非只要不出庭就不得作为定案根据。不出庭证词不会无效，只不过效力会减弱。特殊的情况，如为保证证人安全等因素而证人不出庭，经法院提前进行取证，对其所述可以证明真实的证言，在开庭时作为证言不会减弱其效力。

法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第七十六条

经人民法院通知，证人应当出庭作证。有下列情形之一的，经人民法院许可，可以通过书面证言、视听传输技术或者视听资料等方式作证：

（一）因健康原因不能出庭的；

（二）因路途遥远，交通不便不能出庭的；

（三）因自然灾害等不可抗力不能出庭的；

（四）其他有正当理由不能出庭的。

强化证人作证机制

原刑诉法规定了证人有作证的义务，证人证言在法庭上的质证，这表明从原则上证人应当出庭作证。但是又规定了未到庭的证人的证言笔录等，应当当庭宣读。规定（一）规定了人民法院应当通知证人出庭的情形，一是人民检察院、被告人及其辩护人对证人证言有异议，该证人证言对定罪量刑有重大影响的，二是人民法院认为其他应当出庭作证的。但又规定经依法通知不出庭作证证人的书面证言经质证无法确认的，不能作为定案的根据。上述规定，导致了实践中证人不出庭是惯例，出庭成了特例，使证人出庭制度几乎成了虚设。新刑诉法在证据制度中，着重从证人的安全保护和出庭费用保障方面，强化了证人作证机制。

（1）规定了证人的安全保护。一是特别规定四类特殊案件，证人的安全保障问题，危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪、黑社会性质的组织犯罪、毒品犯罪；二是公检法三机关所应采取的保护措施，

（一）不公开真实姓名、住址、工作单位等个人信息；

（二）采取不暴露外貌、真实声音等出庭作证措施；

（三）禁止特定的人员接触证人、鉴定人、被害人及其近亲属；

（四）对人身和住宅采取专门性保护措施；

（五）其他必要的措施。

三是证人及其近亲属向公检法三机关的请求保护权。四是公检法三机关采取保护措施时，有关单位和个人的配合义务。

（2）规定了出庭费用的保障措施。证人因履行出庭而支出的、交通、住宿、就餐等费用，应当予以补助，应列入司法机关业务经费，由政府财政予以保障。有工作单位的证人作证，所在单位不得克扣或者变相克扣其工资、奖金及其他福利待遇。完整、可操作的证人保护、保障机制，将充分调动证人作证的积极性，解除证人的后顾之忧，解决出庭难，有利于对违法犯罪的及时打击。