首先，户籍管理上严重分权，权力主要集中在地方政府，而地方政府并没有很强的改革动力。20世纪80年代以来，中国户籍管理的职能从国家划归地方，地方政府可以在其管理权限内制定当地的户籍政策。通常情况下，各省制定省内户籍政策的指导思想和基本原则，各地区依据总的指导方针制定各自的户籍政策。例如，北京市政府有权决定当地的落户条件，以及外来人口可以享受到哪些北京市的公共服务。这样一来，地方政府会从当地的切身利益出发，给那些高学历、高收入、高资产的群体北京户籍，因为这些人能给当地带来更大的经济贡献。而向农民工提供公共服务，或者允许大量农民工落户当地，并不符合地方政府的自身利益。换言之，尽管社会各界对户籍改革的愿望很强烈，但是真正有权利改革的地方政府并没有改革的动力和激励。

其次，巨额的改革成本对各级政府的财力是一个巨大的挑战，抑制了户籍制度改革的速度。人口的市民化需要巨大的财政投入。2011年国务院发展研究中心课题组在武汉、重庆、郑州和嘉兴四个城市进行了实地调研，对农民工融入城市的具体成本作过测算，包括各类社保投入、公共服务投入、住房保障投入等，一个典型的农民工(包括相应的抚养人口)市民化所需的公共支出成本总共约8万元。据重庆市测算，为了在两年内实现300多万人口转为城镇居民，政府在专户农民养老保险补助、吸纳就业企业社保缴费补差以及公租房、学校等配套设施建设方面需要投入316元，每年所需财政投入接近全市地方财政收入的1/10。如此巨大的财政投入对政府的财政供给能力提出了巨大挑战。

最后，大城市环境承载能力相对饱和，放开户籍可能会引发严重的“大城市病”。大城市的人口相对集中，生活和生产中产生大量的垃圾和污染物。目前我国大多数大城市的环境承载力已经相对饱和，有的甚至已经超过极限。如果外来人口大量涌入，必然会进一步加剧城市环境的恶化和交通的拥堵。这就导致大城市政府在户籍制度改革问题上有了更多的顾虑，在户籍制度改革问题上采取非常审慎的态度。