员工职业病按照工伤方式处理。根据《工伤保险条例》规定，员工患职业病应当认定为工伤，在被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请，并享受工伤待遇。在接受医疗期间，停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月。

公司如果未缴纳工伤保险，则由公司自行承担相应的赔偿。

一、工伤认定流程有哪些内容

工伤认定流程内容如下：

1、在法定期限内申请工伤认定；

2、工伤保险部门出具收件回执；

3、工伤保险经办部门应当受理符合受理条件的，并出具受理通知书；

4、正式受理之日起60日内作出工伤认定书面决定，并在20个工作日内送达申请工伤认定的职工或其近亲属、工会组织和职工所在单位。

《工伤保险条例》第十七条规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。按照本条第一款规定应当由省级社会保险行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门办理。用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。

二、工伤不予认定怎么办

受伤职工自受伤之日起一年内，向人社局提供劳动关系证明、医疗机构的诊断证明，申请工伤认定，构成残疾的，申请伤残鉴定，享受工伤待遇。单位不同意工伤的，单位承担举证责任。员工是否有过错，不影响工伤的认定。

职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。

用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。