1、股东设立协议与公司章程之间的法律关系。我国《公司法》第十一条规定：“公司章程必须依法制定。本章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。”因此，公司章程是公司的必备文件，往往被视为公司的基本法或《公司章程》，公司股东为设立公司而签订的协议一般称为《公司设立协议》。本合同是投资方为明确双方在公司成立过程中的权利和义务而签订的合同。

公司成立协议和公司章程的目的是相同的，都是为了成立公司。二者在公司名称、注册资本、经营范围、股东出资比例、出资方式等内容上有相似之处，但在法律性质和功能上仍有较大差异：（1）公司章程是公司的必备文件，而成立协议则是一份武断的文件。没有公司章程，就不能成立公司。但是，我国《公司法》没有规定公司必须签订设立协议，只是外商投资企业需要签订合同，股份有限公司需要签订发起人协议。因此，对于中小企业最常见的形式，即普通有限责任公司来说，公司设立协议是一种可选的文件

然而，在现实生活中，投资者往往先签订公司设立协议。这是由于公司成立过程的不确定性。这种现实的存在使得投资者将公司设立协议作为公司设立的重中之重。他们认为，如果成立协议签得好，一切都会好的，剩下的只是程序问题。这是一个很大的误解

根据《公司法》，公司章程对公司、股东、董事、监事和高级管理人员具有约束力。也就是说，公司章程的范围包括股东、公司及内部组织和人员。但是，公司设立协议只是股东之间的任意合同，应当遵循合同相对性原则，其行为范围仅限于合同当事人。（3）公司设立协议的有效期与公司章程的有效期不同。因此，一般认为，公司设立协议的有效期为公司成立至公司成立。公司章程是从公司成立到公司成立，直至公司解散、清算的整个存续过程

在正常情况下，公司章程通常以成立协议为基础制定。设立协议的主要内容通常由公司章程吸收。在这种情况下，设立协议与公司章程之间不存在冲突。但章程与设立协议有冲突的，如何适用

（1）设立协议与章程有冲突的，以章程为准。也就是说，公司成立后，公司设立协议的效力终止，公司设立和经营管理的有关事项在现实生活中应当由公司章程规定，公司章程大多是在签订公司成立协议后签订的。根据法律文件的时效性，也应以公司章程为准

此外，公司设立协议是一种内部协议，股东甚至董事和其他高级管理人员可能不知道。《中华人民共和国公司法》第九十七条、第九十八条规定，公司向社会公开发行股票、债券，必须披露公司章程。公司章程的公示是为了帮助投资者、债权人和贸易伙伴了解公司的组织和经营情况，并据此作出判断。因此，对社会公众而言，公司章程的效力也必须高于公司设立协议的效力，在司法实践中，公司设立后，当事人依据公司设立协议提起民事诉讼，要求追究股东的出资义务、要求确认设立协议无效、解散公司等，法院一般不予支持的；（2）股东对公司章程未尽事宜达成一致的，本协议对签署本协议的股东继续有效p>虽然公司设立协议一般只规定了公司设立过程中的相关权利义务，但也有一些关于公司存续乃至未来解散的协议。这些协议，如果在公司章程中没有规定，并且没有违反法律的强制性规定，可以继续有效。但其法律效力仅限于签订合同的股东