两次补充侦查后又发现新罪怎么办?

首先，公安机关会视情况对其进行刑事拘留，三日提请检察院批捕，可以延长一至四日，检察院一般会在七日内决定是否批准逮捕，如果是流窜作案、结伙作案或多次作案的重大嫌疑分子，提请批捕的时候可以延长至一个月，也就是说刑事拘留一般是十多天，最长是三十七天。

逮捕后的侦查期限一般不得超过二个月，案情复杂的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。如果是交通不便地区、重大的犯罪集团案件、流窜作案等可经省级检察院批准再延长二个月。

补充侦查对检察院来说只能两次，到法院审理期间，如果起诉证据不足，法院应该可以做出无罪判决，但是实践中检察院认为自己起诉证据有问题，会撤回起诉，变更强制措施，案件退还公安机关处理，如果公安机关没有新的证据，会在一定的期限内做成撤销案件的处理，

补充侦查期间属于继续侦查阶段。

所谓补充侦查，是检察院在审查起诉过程中，发现案件中存在犯罪事实不清、证据不足或者遗漏罪行、遗漏同案犯罪嫌疑人等情形，有必要退回公安机关补充侦查，收集需要证据的情形，该阶段属于继续侦查阶段，而不是审查起诉阶段。

补充侦查，时间为一个月，检察院再审查的时间也是一个月，原则可以退侦两次。

补充侦查完毕，移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查期限。

审查起诉阶段的补充侦查(刑诉法第171条)

1、补充侦查的形式

(1)退回补充侦查，在审查起诉阶段，如果是公安机关移送的，需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查;如果是本院侦查部门侦查终结的，则退回本院侦查部门)

2、退回补充侦查以2次为限，每次1个月(无论退回哪里，只要是退回);如果是自行补充侦查的，必须在审查起诉期限内侦查完毕。

3、补充侦查后的处理：

(1)退回补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限

(2)对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。也就是说，案件经过一次补充侦查，人民检察院认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定;如果经过两次补充侦查，仍然证据不足，不符合起诉条件的人民检察院应当作出不起诉决定。

(3)人民检察院对已经退回公安机关二次补充侦查的案件，在审查起诉中又发现新的犯罪事实，应当移送公安机关立案侦查;对已经查清的犯罪事实，应当依法提起公诉。