根据我国相关法律规定，对于机动车驾驶人驾驶机动车违法占用高速公路应急车道的情形，是应当由公安机关交通管理部门扣六分的。

一、高速公路停车扣几分

高速公路停车扣分情形如下：

1、驾驶营运客车在高速公路车道内停车的，一次记12分；

2、驾驶营运客车以外的机动车在高速公路车道内停车的，一次计6分；

3、对违反道路交通安全法律、法规关于机动车停放、临时停车规定的，执法人员可以指出违法行为，并予以口头警告，令其立即驶离。机动车驾驶人不在现场或虽在现场但拒绝立即驶离，妨碍其他车辆通行的，处二十元以上二百元以下罚款，并可以将该机动车拖移至不妨碍交通的地点或者公安机关交通管理部门指定的地点停放。公安机关交通管理部门拖车不得向当事人收取费用，并应当及时告知当事人停放地点。因采取不正确的方法拖车造成机动车损坏的，应当依法承担补偿责任。

二、扣六分的交通违章都有哪些

扣六分的交通违章有以下这些：

(一)机动车驾驶证被暂扣期间驾驶机动车的;

(二)驾驶机动车违反道路交通信号灯通行的;

(三)驾驶营运客车(不包括公共汽车)、校车载人超过核定人数未达20%的，或者驾驶其他载客汽车载人超过核定人数20%以上的;

(四)驾驶中型以上载客载货汽车、校车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速未达20%的;

(五)驾驶中型以上载客载货汽车、校车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶或者驾驶其他机动车行驶超过规定时速20%以上未达到50%的;

(六)驾驶货车载物超过核定载质量30%以上或者违反规定载客的;

(七)驾驶营运客车以外的机动车在高速公路车道内停车的;

(八)驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法占用应急车道行驶的;

(九)低能见度气象条件下，驾驶机动车在高速公路上不按规定行驶的;

(十)驾驶机动车运载超限的不可解体的物品，未按指定的时间、路线、速度行驶或者未悬挂明显标志的;

(十一)驾驶机动车载运爆炸物品、易燃易爆化学物品以及剧毒、放射性等危险物品，未按指定的时间、路线、速度行驶或者未悬挂警示标志并采取必要的安全措施的;

(十二)以隐瞒、欺骗手段补领机动车驾驶证的;

(十三)连续驾驶中型以上载客汽车、危险物品运输车辆以外的机动车超过4小时未停车休息或者停车休息时间少于20分钟的;

(十四)驾驶机动车不按照规定避让校车的。

三、应急车道通行扣几分

走应急车道扣几分：驾驶机动车违反规定在高速公路、违法占用行驶或停车的处200元罚款，并记6分。机动车在高速公路行驶时，非紧急情况不得在行驶或者停车。所谓紧急情况有两种：一是机动车发生交通事故或者故障确需停车等待救援时，可以在内临时停放；二是供警车、消防车、救护车、工程救险车在执行紧急任务时使用。