企业免税所得税弥补亏损问题，国家税务总局《关于企业的免税所得弥补亏损问题的通知》([1999]34号)文件中明确规定：

1、按照税收法规的规定，企业的某些项目免征所得税。如果一个企业既有应税项目，又有免税项目，其应税项目发生亏损时，按照税收法规规定可以结转以后年度弥补的亏损，应该是冲抵免税项目所得后的余额。此外，虽然应税项目有所得，但不足弥补以前年度亏损的，免税项目的所得也应用于弥补以前年度亏损。

2、享受减免税政策的纳税人，其一个纳税年度的亏损额是指按照本《通知》规定，当年应享受减免税政策的项目与非享受减免税政策的项目盈亏相抵后的余额。

3、如果纳税人在纳税年度内享受减免税政策，当年有盈利，而以前年度发生亏损，又在弥补期内，纳税人应先用本年非享受减免税政策的所得来弥补其以前年度亏损，不足弥补的，再用应享受减免税的所得来弥补。

就是说虽然应税项目有所得额，但不足弥补以前年度亏损的，免税项目的所得也应用于弥补以前年度亏损。“因此，免税所得在弥补亏损问题上，应该是先弥补亏损，弥补亏损后如有剩余，剩余部分再免征所得税。具体有以下几种处理方法：

一、在某一年度，企业既有应税项目，又有免税项目，但应税项目发生亏损时，免税所得弥补亏损的处理方法。

例1：A企业2002年通过会计核算确定应税项目全年亏损10万元，另有《企业所得税法》规定的免税所得额2万元。按照企业免税所得弥补亏损的规定，A企业2002年结转以后年度弥补的亏损额应为8万元(即10万元-2万元)而不是10万元。也就是说，A企业2002年应先用免税所得2万元弥补当年应税项目的亏损后，才能将余额结转以后年度并用以后年度的所得弥补，而不是先将免税所得免税，然后再将应税项目亏损结转以后年度弥补。

二、在某一年度，企业既有应税项目，又有免税项目，而且应税项目有所得额时，免税所得弥补亏损的处理方法。

例2：A企业2001年通过会计核算确定全年亏损10万元，并依法结转以后年度进行弥补。

情况一：2002年会计核算确定全年利润9万元，其中免税所得2万元;

情况二：2002年会计核算确定全年利润11万元，其中免税所得2万元;

情况三：2002年会计核算确定全年利润13万元，其中免税所得2万元。

根据上述资料，2002年应弥补2001年亏损数的利润如下：

情况一：首先用2002年应税项目利润7万元(即9万元-2万元)先弥补2001年亏损;弥补后剩余的未弥补的亏损3万元，再用免税所得2万元弥补;未弥补完的2001年的亏损部分1万元可以留待以后年度弥补。

情况二：首先用2002年应税项目利润9万元(即11万元-2万元)先弥补2001年的亏损;弥补后剩余的未弥补的亏损1万元，再用免税所得1万元弥补;免税所得剩余的1万元，再免征所得税。留待以后年弥补的亏损数为0.

情况三：首先用2002年应税项目利润11万元(即13万元-2万元)中的10万元先弥补2001年的亏损;弥补2001年亏损后剩余的应税项目利润1万元，再根据税法规定交纳企业所得税;而免税所得2万元免征所得税。所以，该企业2002年应交所得税=10000元×33%=3300元。

总之，通过上述分析举例可以看出，企业在有应税项目亏损的情况下，免税所得弥补亏损的正确做法是先弥补应税项目亏损后，才能免征所得税，而不是先免征所得税，后弥补应税项目的亏损。