自然人转让股权合同存在的涉税风险主要体现在两方面：

一方面是个人转让股权的法律手续不符合税收法律规定。在实践中总是存在一种现象：转让方和受让方私自签订平价或折价的股权转让协议，不通过当地的税务部门，而直接通过社会关系在当地的工商部门办理工商变更登记手续。这是不符合税法规定的，有受到税务部门的稽查和处罚的风险。

另一方面是股权转让协议中的转让价格往往不符合独立交易原则，即不符合税收法律规定的折价或平价条件，而因此少申报缴纳个人所得税。

股权转让收入偏低的认定

国家税务总局《关于股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》(国家税务总局2014年公告第47号)第十二条规定，符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低：

(1)申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的；

(2)申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；

(3)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的；

(4)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的；

(5)不具合理性的无偿让渡股权或股份；

(6)主管税务机关认定的其他情形。

自然人解除股权转让的个税规定：

文件《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》(国税函〔2005〕130号)规定如下：

一、根据《中华人民共和国个人所得税法》(以下简称个人所得税法)及其实施条例和《中华人民共和国税收征收管理法》(以下简称征管法)的有关规定，股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。

二、股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据个人所得税法和征管法的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。