法律依据：

《企业所得税法实施条例》第八十三条规定，《企业所得税法》第二十六条第(二)项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。

《企业所得税法》第二十六条第(二)项和第(三)项所称股息、红利等权益性投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。

国家税务总局《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函[2010]79号)明确转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。

国家税务总局《关于企业所得税核定征收有关问题的公告》(国家税务总局公告2012年第27号)第二条规定：依法按核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，取得的转让股权(股票)收入等转让财产收入，应全额计入应税收入额，按照主营项目(业务)确定适用的应税所得率计算征税；若主营项目(业务)发生变化，应在当年汇算清缴时，按照变化后的主营项目(业务)重新确定适用的应税所得率计算征税。

基于以上税收法律的规定，法人转让股权协议中的税收风险主要体现在两点：

1、被投资企业有多年累积的未分配利润和盈余公积时，法人转让股权的转让价格中含有被投资企业多年累积的未分配利润和盈余公积与转让方股东所占股权比例的乘积部分，而使股权转让价格是溢价转让，从而使转让方股东多缴纳企业所得税。

2、按核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，发生股权(股票)转让时，按照转让收入扣除股权(股票)投资成本作为应税收入额，使企业少缴纳了企业所得税。

根据以上涉税风险分析，法人转让股权合同中的涉税风险应采取以下控制措施：

1、如果股东是企业或法人，在发生转让股权时，为了实现少缴纳企业所得税，则可以先将留存收益进行分配，降低净资产，再转让股权，从而降低转让所得，减少企业所得税。

2、依法按核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，取得的转让股权(股票)收入等转让财产收入，应全额计入应税收入额，按照主营项目(业务)确定适用的应税所得率计算征税。

相关知识介绍：

持份转让与股份转让

持份转让，是指持有份额的转让，在中国是指有限责任公司的出资份额的转让。股份转让，根据股份载体的不同，又可分为一般股份转让和股票转让。一般股份转让是指以非股票的形式的股份转让，实际包括已缴纳资本然而并未出具股票的股份转让，也包括那些虽然认购但仍未缴付股款因而还不能出具股票的股份转让。

股票转让，是指以股票为载体的股份转让。股票转让还可进一步细分为记名股票转让与非记名股票的转让、有纸化股票的转让和无纸化股票的转让等。

书面股权转让与非书面股权转让

股权转让多是以书面形式来进行。有的国家的法规还明文规定，股权转让必须以书面形式、甚至以特别的书面形式(公证)来进行。但以非书面的股权转让亦经常发生，尤其以股票为表现形式的股权转让，通过非书面的形式更能有效快速地进行。