关于未成年人刑事案件诉讼程序。

学界热议的重点问题之一是附条件不起诉制度。基于未成年人附条件不起诉对检察院不起诉工作提出的诸多新要求，例如未成年人附条件不起诉工作要由熟悉未成年人身心特点的检察官来做，以及现行检察业务考核可能影响未成年人附条件不起诉的适用。学者建议，实行少年检察官制度以及合理设计并完善检察业务考核机制。热议的重点问题之二是社会调查制度。目前这一制度的实施现状并不乐观：不仅适用比例低，采信率也有待提升。热议的重点问题之三是合适成年人制度。学者认可合适成年人具有监督讯问活动、抚慰未成年人的紧张情绪等作用，但认为选任机制仍待完善。热议的重点问题之四是未成年人犯罪记录封存制度，学者认为此项真正能够运作起来并发挥积极作用，还需要对封存对象、条件、内容、效力等实质要件以及启动、查询、审核和监督的整个流程予以明确。

关于当事人和解的公诉案件诉讼程序。

关于刑事和解制度的理念，有人从恢复正义的角度认为“是传统刑事司法从报应正义向恢复正义的现代转型之辙”;也有人从诉权的角度解析，认为“是由私有诉权、公有诉权以及诉讼职权结合的产物”。具体到刑事和解的程序，学者认可立法对适用范围、适用条件、适用后果、适用阶段以及和解方式等方面的内容，但认为仍有进一步具体和完善的空间。考察刑事和解的实践现状，有学者认为目前谅解赔偿金额差距悬殊是一个突出事实，赔礼道歉等精神补偿在谅解赔偿中不被重视也是常有之事，第三方在刑事和解过程中的作用缺失值得重视。

关于依法不负刑事责任的精神病人的强制医疗程序。

对该项制度的设立，学者们认为“既遵循了国际通行做法，又符合中国基本国情，有助于实现公正、安全、人道和效率多元价值的平衡。”也有学者对此项特别程序中证明责任的分配进行研究，提出问题：

一方面针对不同程序证明责任分配各不相同;另一方面在证明方式和证明标准方面，因证明内容的不同也有严格证明与自由证明的区分。

关于犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得的没收程序。

关于此项程序的性质，有学者认为在法律解释上采取“保安处分说”具有更强的逻辑自洽性。关于此项程序的适用范围，有论者认为对被告人死亡案件的适用范围未作限制甚为不妥。