双方结婚证丢了，可以先补办结婚证，再提出离婚登记的申请。双方可以持户口簿以及身份证，向常住户口所在地的婚姻登记机关或者原来结婚登记的机关申请结婚证的补领。婚姻登记的机关对婚姻档案查证，如果确认属实，予以补发结婚证。随后可以去常住户口所在地的婚姻登记机关或者原来结婚登记的机关进行离婚登记的办理。《婚姻登记条例》第十七条规定，结婚证、离婚证遗失或者损毁的，当事人可以持户口簿、身份证向原办理婚姻登记的机关或者一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领。

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起诉离婚的程序包括三个阶段：（一）第一阶段：起诉阶段这一阶段包括以下三个程序：1、原告向人民法院递交起诉书、副本及相关的证据；2、人民法院接受原告提交的文件、材料，进行审查；3、经审查起诉符合法律规定、要求，作出受理决定并立案，反之则退回原告文件及材料，并告之不予受理的理由。（二）第二阶段：答辩阶段1、人民法院决定立案之日起五日内将原告的起诉书副本送达被告，并告知被告作出书面答辩；2、被告自收到人民法院送达的起诉书副本之日起十五日内作出书面答辩。被告在十五日内不提出答辩，人民法院照常审理案件并作出判决。如果被告确因非个人意志的原因在十五日内不能作出答辩，可以据实向人民法院申请，请求延期，人民法院院长可以作出延期的决定。（三）第三阶段：开庭审理阶段这一阶段进入离婚诉讼的实质性阶段，主要是审查证据，查明案情，分清是非，确认当事人的权利、义务。它包括以下几个程序：1、起草起诉状；2、准备诉讼所需要的证据；3、向有管辖权的法院递交起诉状和证据；4、法院决定是否受理该诉讼；5、法院受理该离婚诉讼案件之后，在法定时间内向对方发送起诉状副本；6、法院安排开庭时间并向双方发送传票；7、开庭：双方均可以委托律师或者其他专业人士代理诉讼（一般情况下离婚当事人必须到庭，如果因特殊原因实在不能到庭，必须向法庭出具是否离婚的书面意见）；8、法院依照原告方的诉讼请求和双方提交的证据情况对是否准予离婚，以及如何分割财产，子女抚养问题如何解决等问题作出判决。

《婚姻登记条例》第十七条规定：结婚证、离婚证遗失或者损毁的，当事人可以持户口簿、身份证向原办理婚姻登记的机关或者一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领。婚姻登记机关对当事人的婚姻登记档案进行查证，确认属实的，应当为当事人补发结婚证、离婚证。