1、农村盖仓房产生土地纠纷的，可以通过以下方式处理：

(一)由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

(二)当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

2、法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。

一、土地出让合同纠纷可以申请仲裁吗

事实上，这种时候土地出让合同纠纷能否仲裁，要看具体情况才能确定。如果土地出让合同约定出现纠纷时，可以向仲裁机构申请仲裁的，那么当然可以进行仲裁。

但是如果合同中没有约定的，仲裁机构一般不会受理。

如果是去仲裁了，一般要走下面几个步骤：

1、先提出仲裁申请

这是仲裁程序开始的首要手续。各国法律对申请书的规定不一致。在我国，《仲裁法》规定：当事人一方申请仲裁时，应向该委员会提交包括下列内容的签名申请书：

(1)申诉人和被诉人的名称、地址。

(2)申诉人所依据的仲裁协议。

(3)申诉人的要求及所据的事实和证据。

申诉人向仲裁委员提交仲裁申请书时，应附具本人要求所依据的事实的证明文件，指定一名仲裁员，无需仲裁费。如果委托代理人办理仲裁事项或参与仲裁的，应提交书面委托书。

2、组织仲裁庭

根据我国仲裁规则定，申诉人和被申诉人各自在仲裁委员会仲裁员名册中指一名仲裁员，并由仲裁委员会主席指定一名仲裁员为首仲裁员，共同组成仲裁庭审理案件；双方当事人亦可在仲裁委员名册共同旨定或委托仲裁委员会主席指定一名仲裁员为独任仲裁员，成立仲裁庭，单独审理案件。

3、审理案件

仲裁庭审理案件的形式有两种：一、是不开庭审理，这种审理一般是经当事人申请，或由仲裁庭征得双方当事人同意，只依据书面文件进行审理并做出裁决；二、是开庭审理，这种审理按照仲裁规则的规定，采取不公开审理，如果双立事人要求公开进行审理时，由仲裁庭做出决定。

4、作出裁决

裁决是仲裁程序的最后一个环节。裁决作出后，审理案件的程序即告终结，因而这种裁决被称为最终裁决。