大额医疗按年收费可以通过医院收费票据或医保报销票据来核算或者是通过国家医保服务平台查询的数据来进行核算都可以。
相关规定：依据国家税务总局关于发布《个人所得税专项附加扣除操作办法(试行)》的公告的规定：大病医疗支出为医疗保障信息系统记录的医药费用实际支出的当年。
纳税人年末住院，第二年年初出院，一般是在出院时才进行住院费用的结算，医疗保障信息系统中住院费用在第二年年初结算。纳税人申报享受大病医疗扣除，以医疗费用结算单上的结算时间为准。
一、如何计算根据医院收费票据或医保报销票据
当纳税人对国家医保服务平台查询的数据有疑问时，还可以凭医院收费票据或医保报销票据来计算“个人负担金额”，具体如下：
1.医院收费专用票据
一般情况下，医保目录范围内个人负担的自付金额=账户支付现金支付-非医保费用
“累计超过15000元的部分，在80000元限额内据实扣除。”纳税人需要计算本年度医保范围内个人负担的自付金额是否超过15，000元，超出部分可填报大病医疗专项附加扣除，封顶80，000元。
2.医保报销票据
纳税人还可以通过医疗保障中心出具的报销单自行计算。
医保范围内个人负担的自付金额=个人账户总支付个人现金支付-非医保自付-不重复支付费用-大病保险给付
注意事项：
1、大病医疗支出中，如果年末住院，第二年年初出院，这种跨年度的医疗费用，以医疗费用结算单上的结算时间为准，在次年汇算时享受扣除。
2、纳税人享受大病医疗专项附加扣除需要留存备查资料包括：大病患者医药服务收费或医保报销相关票据原件或复印件。
3、纳税人发生的医药费用支出可以选择由本人或其配偶一方扣除，未成年子女发生的医药费用支出可以选择由其父母一方扣除。纳税人及其配偶、未成年子女发生的医药费用支出，按规定分别计算扣除额。
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