1、保险公司要赔偿，具体的理由如下：

（1）从商业三者险设立目的来看，其保险宗旨和核心价值在于确保第三者因交通事故受到伤害和财产损失时能够从保险人处获得救济，以保护不特定的第三者的利益。

（2）保险合同中格式条款虽约定了被保险人及其家庭成员、被保险人允许的驾驶人及家庭成员所有、管理的财产损失，保险人不负赔偿责任，且保险公司已就免责条款履行了提示和明确说明义务，但该条款的设立目的是防止投保人为骗取保险金，人为制造保险事故的道德风险。

（3）现实生活中，一人名下的两辆车存在由不同驾驶人员驾驶并发生交通事故的可能，保险公司对此情况应当清楚，在排除人为制造事故的情况下，若保险公司不进行赔付既不符合投保人的投保目的，亦不符合保险合同分散社会风险、及时填补损失的理念。

2、法律依据：《中华人民共和国民法典》第一千二百一十三条【交通事故责任承担主体赔偿顺序】机动车发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足部分，由承保机动车商业保险的保险人按照保险合同的约定予以赔偿；仍然不足或者没有投保机动车商业保险的，由侵权人赔偿。

一、交通事故保险赔偿程序

1、及时报案

发生保险事故后应在24小时内及时拨打报案电话向保险公司报案。这样有利于保险公司及时派人赶赴现场，判定事故原因。

2、协助查勘定损

（1）保险公司接到报案后，会迅速派人进行现场查勘，确定损失大小，并出具查勘报告。

（2）在此环节，被保险人应当协助保险公司进行保险事故的查勘定损。

3、提交索赔单证

索赔时，被保险人应当按照保险合同约定向保险公司提交以下单证：

（1）出险通知书；

（2）保险单正本，机动车保险证，驾驶证，行驶证复印件；

（3）事故发生地交警部门的责任认定书，事故调解书；

（4）全车失窃须另提供保险合同约定的必备单证；

（5）涉及的第三者责任方追偿的赔案，须提供诉讼受理证明和追偿权利转让书；

（6）保险合同约定的其他单证。

4、赔款审核

保险公司根据车险合同条款、客户提交的索赔单证、查勘人员提供的查勘报告以及公司有关理赔规定，将作出是否赔偿以及赔偿多少的结论。

5、领取赔款

（1）对属于保险责任的事故，保险公司应当根据理赔结论通知被保险人办理领款手续。

（2）按照《保险法》的规定，保险公司自与被保险人达成赔偿金额协议之日起10日内，保险公司应当履行支付赔款义务。