税务检查部门在办案中，对纳税人取得虚开的增值税专用发票进行处理时，有两种不同的处理方式：税务检查部门认定纳税人属于善意取得虚开的增值税专用发票，对其不以偷税或者骗取出口退税论处，但纳税人已经抵扣的增值税进项税额或者取得的出口退税，必须依法追缴。若税务检查部门认定纳税人非善意(即恶意)取得虚开的增值税专用发票，必须追缴纳税人已经申报抵扣的增值税进项税额和税务部门已经退还的出口退税额，同时，对纳税人按照偷税和骗取出口退税予以处理，处以偷税、骗税数额5倍以下的罚款。

但是，如何判定纳税人是否善意的取得虚开的增值税专用发票，在操作中有一定的难度，一般情况下，应该从以下几个方面进行判定：

第一，从纳税人是否有货物交易行为上判定。税务检查部门在对纳税人取得虚开的增值税专用发票进行检查的时候，首先要核实清楚纳税人是否真正发生购销业务往来，在对纳税的有关财务凭证、仓库资料、相关证人进行实地调查后，证实纳税人在取得虚开的增值税专用发票期间，并没有货物交易，此时，税务检查部门可认定纳税人不是属于善意的取得虚开的增值税专用发票，即恶意取得;若证实纳税人有真实货物交易，则需要继续进行取证。

第二，从纳税人购货和取得虚开的增值税专用发票有关内容是否一致上判定。供货企业和增值税专用发票开票方是否一致。若供货企业和增值税专用发票开票方不一致，税务检查部门可认定纳税人属于非善意取得虚开的增值税专用发票;若供货企业和增值税专用发票开票方一致，则要继续跟进。供货企业和增值税专用发票上货物名称不一致，税务检查部门可认定纳税人属于非善意(即恶意)取得虚开的增值税专用发票;若供货企业和增值税专用发票开票方一致，则要继续进行取证。取得供货企业开出的非供货企业所在地的增值税专用发票，税务检查部门可认定纳税人属于非善意取得虚开的增值税专用发票。

第三。从纳税人取得虚开的增值税专用发票和货物之间的关系上判定。

第一种情况：货物和发票不是由开票方一并提供。

(1)先有发票后有货物。若纳税人自己购货，并向第三方取得增值税专用发票的，此时，这种情况说明了纳税人主观上具有偷税意识并作出具体行为，税务检查部门可认定纳税人不是善意的取得虚开的增值税专用发票，即恶意取得。

(2)先有货物后有发票，若纳税人先从别处取得增值税专用发票，而后另外购货，此时，税务检查部门可认定纳税人不是善意的取得虚开的增值税专用发票，即恶意取得。

第二种情况：货物和发票由开票方一并提供。

(1)开票方有货物，但用第三方的发票。纳税人向供货企业购货的时候，供货企业销售属于自己的货物，但是却使用别人的发票，此时，若纳税人不知道这些情况，税务检查部门可认定纳税人属于善意的取得虚开的增值税专用发票。

(2)开票方无货物，但用的是自己购买的发票。纳税人向供货企业购货的时候，供货企业当时没有货物，用别人的货物销售，但是开具的却是供货企业的发票，此时，若纳税人不知道这些情况，税务检查部门可认定纳税人属于善意的取得虚开的增值税专用发票。

第四，从资金结算往来情况上判定。

第一种情况是银行结算。纳税人取得虚开的增值税专用发票：

(1)若有关银行结算不是直接和开票方进行结算，那么税务检查部门可认定纳税人属于恶意的取得发票。

(2)若纳税人原始凭证所附银行支票头虽然和发票相关内容一致，此时，税务检查部门应直接到有关银行进行调查，如果支票头和支票内容不一致，那么税务检查部门可以认定纳税人不是属于善意的取得增值税专用发票(即是恶意取得);若税务检查部门经在有关银行调查，发现支票头和支票内容一致，但是开票方私自通过银行背书转让给第三方，此时，尽管货物结算和开票方不一致，但是责任并不在纳税人，所以，税务检查部门认定纳税人属于善意取得虚开的增值税专用发票。

第二种情况是现金结算。根据现行会计制度，原则上纳税人日常经营超过一定数额的，应该通过银行进行结算，但是，目前并没有规定现金交易不合法。因此，对纳税人取得虚开的增值税专用发票，若是现金交易的，要依据现金交易量是否合理来判定;若现金交易金额巨大，且超过5万元以上的，税务检查部门可认定其属于非善意(即恶意)取得虚开的增值税专用发票。

第五，从纳税人是否故意隐匿事实的情况上判定。对于纳税人来说，它可能取得供货企业多份虚开的增值税专用发票。但是，对于税务检查部门来说，由于一些原因，可能当时并不知道纳税人究竟取得多少份虚开的增值税专用发票，纳税人又不提供全部虚开的增值税专用发票的实际情况，日后税务检查部门再对剩余虚开的增值税专用发票进行查处，若在此之前，已经对同一供货企业的发票进行处理，此时，不管纳税人过去接受该供货的发票是否属于善意，对这些补查的发票应按不是善意(即恶意)取得虚开的增值税专用发票进行处理;若在此之前，没有对供货企业的发票进行处理，此时，不应一律视为非善意的取得虚开的增值税专用发票处理，应按照实际情况处理。