一、申请司法赔偿的程序是怎样的?

申请司法赔偿的程序为：

(1)违法行为得到确认。违法行为得到确认是司法赔偿的前提，确认可以是由侵权机关主动地或依申请作出，也可以是其他有权机关作出。

(2)向赔偿义务机关提出赔偿请求。作出错误决定或违法侵权行为的机关为赔偿义务机关，赔偿请求应先向赔偿义务机关提出，赔偿义务机关应当在收到申请之日起2个月内作出赔偿或不赔偿的决定。

(3)向上一级机关申请复议。赔偿义务机关逾期不予赔偿或者赔偿请求人对赔偿数额有异议的，赔偿请求人可以自期间届满之日起30日内向其上一级机关申请复议。复议机关应当自收到申请之日起2个月内作出决定。赔偿义务机关是人民法院的，赔偿请求人可以向其上一级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。

(4)向复议机关的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。赔偿请求人不服复议决定的，可以在收到复议决定之日起30日内向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定;复议机关逾期不作决定的，赔偿请求人可以自期间届满之日起30日内向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。人民法院赔偿委员会的决定具有终局效力。

参考法条：国家赔偿法

第二十条赔偿请求人的确定依照本法第六条的规定。

第二十一条行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该机关为赔偿义务机关。

对公民采取拘留措施，依照本法的规定应当给予国家赔偿的，作出拘留决定的机关为赔偿义务机关。

对公民采取逮捕措施后决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪的，作出逮捕决定的机关为赔偿义务机关。

再审改判无罪的，作出原生效判决的人民法院为赔偿义务机关。二审改判无罪，以及二审发回重审后作无罪处理的，作出一审有罪判决的人民法院为赔偿义务机关。

第二十二条赔偿义务机关有本法第十七条、第十八条规定情形之一的，应当给予赔偿。

赔偿请求人要求赔偿，应当先向赔偿义务机关提出。

赔偿请求人提出赔偿请求，适用本法第十一条、第十二条的规定。

二、申请司法赔偿有时效限制吗?

根据我国《国家赔偿法》的规定，申请国家赔偿必须在法定时效内提出，时效为2年，自国家机关及其工作人员行使职权时的行为被依法确认为违法之日起计算，但被羁押期间不计算在内。赔偿请求人在赔偿请求时效的最后6个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。

参考法条：国家赔偿法

第三十二条国家赔偿以支付赔偿金为主要方式。

能够返还财产或者恢复原状的，予以返还财产或者恢复原状。