一般情况下，公司章程往往是以设立协议为基础而制定的。设立协议的主要内容，通常都会被公司章程所吸收。在这种情况下，设立协议与章程之间不可能发生冲突。

(一)若设立协议与公司章程发生冲突，以公司章程为准。

正如前述，公司设立协议的效力期限，一般止于公司成立。也就是说，公司一旦成立，则公司设立协议的效力就终止了，有关公司设立与经营管理的相关事项，均应由公司章程予以规范。

在现实生活中，公司章程大多是在公司设立协议之后签署的。根据法律文件的时间效力判断，也应当以公司章程为准。

另外，公司设立协议是内部协议，除参与签约的股东之外，甚至公司董事等高级管理人员均可能不知其内容。而公司章程是公开文件，我国《公司法》第97条、98条还特别规定，公司公开发行股票或公司债券必须公开披露公司章程。公司章程的公开性，是为了有助于公司投资者、债权人以及交易对象可以了解公司的组织与运行，并据此做出判断。所以，对社会公众而言，章程的效力也必须高于公司设立协议。

在司法实践中，当事人在公司设立之后，再以公司设立协议为依据而提出民事诉讼，要求追究股东出资义务、请求确认设立协议无效而解散公司等等，法院一般都不予以支持。

(二)如公司章程中未规定的事项，股东在公司设立协议中予以约定的，该约定对签约的股东继续有效。

虽然，公司设立协议一般只约定设立过程中的相关权利义务，但也有一些公司设立协议中会就公司的存续甚至今后解散的相关事项做出约定。这些约定，如果公司章程中没有明确规定，又不违反法律的强制性规定的，则可以继续有效。但其法律效力仅局限在签约的股东之间。

但是，对于《公司法》明确规定公司章程另有规定的除外之条款，股东之间如需另行约定的，必须在章程中予以确定，公司设立协议不具备排除法律适用的效力。

例如《公司法》第43条规定，股东会会议股东按照出资比例行使表决权；但是，公司章程另有规定的除外。如公司章程中未做特别规定，则即使股东在公司设立协议中约定不按出资比例行使表决权，也不能对抗该法律规定，即股东仍应按出资比例行使表决权。