根据我国相关法律规定，起诉离婚时，两个孩子的抚养权不会一边一个分别判给父母两方。首先看两个孩子年龄，未满两周岁的子女一般抚养权判给母亲，已满两周岁的子女，法院会根据父母双方的具体情况作出最有利于未成年子女的抚养权判决，如果孩子已满八周岁，法院还应该尊重其真实意愿作出判决。

夫妻离婚有两个孩子怎么判？

夫妻离婚有两个孩子的判决规则如下：

1、一般对不满两周岁的子女，以母亲直接抚养为原则。母方有下列情形之一的，父亲请求直接抚养的，可随父方生活：

（1）患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的；

（2）有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的；

（3）因其他原因，子女确无法随母方生活的；

（4）父母双方协议2周岁以下子女随父方生活，并对子女健康成长无不利影响的，可予准许。

2、对已满两周岁的子女，一般会判决一方抚养一个。父母双方均要求子女随其生活，双方协商不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：

（1）已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；

（2）子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的；

（3）无其他子女，而另一方有其他子女的；

（4）子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的；

（5）父方与母方抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活，但子女单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求并且有能力帮助子女照顾孙子女或外孙子女的，可作为子女随父或母生活的优先条件予以考虑；

3、子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿；

4、在有利于保护子女利益的前提下，父母双方协议轮流抚养子女的，可予准许。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条规定：父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。