一、施工备案合同允许有补充协议吗

可以有补充协议。

施工合同备案后又签补充合同的，要对合同进行重新备案，合同需要合同当事方协商达成一致的意见后才能补充，要将变更的合同或补充合同重新备案。合同中权利义务的变更，以及合同主体的变更，通常来讲都是可以的，只要权利的让与人同意，或者义务的受让人同意，一般即可生效。根据《民法典》第五百四十三条当事人协商一致，可以变更合同。

依据《招投标法》

第四十六条规定，“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。

第二条规定，“在中华人民共和国境内进行招标投标活动，适用本法”。即虽然不是必须招投标的工程项目，但是，当事人进行了招投标，就适用招投标法，受招投标法的规范和调整。

相关法律规定：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》

第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”

当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。

二、办理施工合同备案需要提供的基本材料

1、《建设工程施工分包合同备案申请表》原件；

2、合同正式文本一式4份原件；

3、合同当事人法定代表人证明书原件，法定代表人授权签订合同的，还应提交法定代表人授权委托书原件；

4、招标工程，应提交招标文件和“建设工程招标（发包）程序完成证明书”或“中标通知书”复印件（核原件）；

5、非招标工程，应提交经注册造价工程师签字，并加盖注册执业专用章及编制单位公章的工程预算书原件，同时需提交该注册造价工程师注册证复印件；

6、建设单位与施工总承包企业签订的已办理备案手续的施工总承包合同复印件；

7、建设单位同意工程分包的证明原件（劳务分包或已在总承包合同中约定分包的工程可不提供）；

8、分包工程承包人为外地企业的，应提交其资质证书，以及项目经理（建造师）资格证书复印件（核原件）；

9、非招标工程，应提供分包工程承包人安全生产许可证、项目经理安全生产考核合格证复印件（核原件）。

《中华人民共和国民法典》：第六章　合同的变更和转让　　第五百四十三条　当事人协商一致，可以变更合同。