辞职如果单位克扣工资，员工可以选择双方自行协商解决，当事人在自愿的基础上进行协商，达成协议。协商不成或者双方不愿自行协商的，可以进行调解，双方也可请愿申请企业调解委员会调解，对调解达成的协议自觉履行。调解不成的可以申请仲裁。当事人也可直接申请仲裁。另外，劳动者权益受到用人单位或非法职业中介机构等侵害时，还可以向劳动保障监察机构进行投诉处理。

一、劳动争议的处理办法

1、劳动争议发生后，当事人应当协商解决；不愿协商或者协商不成的，可以向本企业劳动争议调解委员会申请调解；调解不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院起诉。劳动争议处理过程中，当事人不得有激化矛盾的行为。

2、企业可以设立劳动争议调解委员会(以下简称调解委员会)。调解委员会负责调解本企业发生的劳动争议。

调解委员会由下列人员组成：(1)职工代表；(2)企业代表；(3)企业工会代表。

职工代表由职工代表大会(或者职工大会，下同)推举产生；企业代表由厂长(经理)指定；企业工会代表由企业工会委员会指定。调解委员会组成人员的具体人数由职工代表大会提出并与厂长(经理)协商确定，企业代表的人数不得超过调解委员会成员总数的三分之一。调解委员会主任由企业工会代表担任。调解委员会的办事机构设在企业工会委员会。

3、没有成立工会组织的企业，调解委员会的设立及其组成由职工代表与企业代表协商决定。调解委员会调解劳动争议，应当自当事人申请调解之日起三十日内结束；到期未结束的，视为调解不成。调解委员会调解劳动争议应当遵循当事人双方自愿原则，经调解达成协议的，制作调解协议书，双方当事人应当自觉履行；调解不成的，当事人在规定的期限内，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

二、可以通过哪几个方式处理劳动纠纷？

可以通过以下几个方式处理劳动纠纷：

1、双方自行协商。双方通过协商方式自行和解，是当事人应首先争取解决争议的途径。当然协商解决是以双方自愿为基础的，不愿协商或者经过协商不能达成一致，当事人可以选择调解程序或仲裁程序；

2、调解程序。当事人可以向本用人单位所在地劳动争议调解委员会申请调解。调解程序是自愿的，只有双方当事人都同意申请调解，调解委员会才能受理该案件； 当事人可不经过调解而直接申请仲裁。另外，工会与用人单位因履行集体合同发生争议，不适用调解程序，当事人应直接申请仲裁；

3、仲裁程序。若经过调解双方达不成协议，当事人一方或双方可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人也可以直接申请仲裁；

4、法院审判程序。当事人如果对仲裁裁决不服，可以向当地基层人民法院起诉。