村民甲与村委会达成协议：村民甲在其宅基地上所建房屋需与他人保持齐平，如果超过他人房屋1厘米，则罚款100元：如果超过5厘米，则应拆除之，并且费用由甲负担。事后，村民甲所建房屋高出他人房屋40厘米。此时，当事人间之法律关系如何?在该纠纷中，当事人之间是平等的民事主体，相互之间并不存在欺诈、胁迫等情事。此时，建房协议完全出于自愿，只要不存在违反法律的强行性规定和禁止性规定，则按照民法典的精神，应当尽量维持合同的效力，以保证合同的完满实现，达成当事人订立合同的目标。

这里，村民甲是否已经成功申请该宅基地是否会影响合同的效力，值得探讨。

一、如果甲已经取得该宅基地的使用权，则按照《民法典》第三百六十二条的规定：“宅基地使用权人依法对集体所有的土地享有占有和使用的权利，有权依法利用该土地建造住宅及其附属设施”。这是法律对甲所拥有的权利做出的肯定，此时在该宅基地上建造房屋的权利是甲不可剥夺的权利，其性质是物权，与当事人之间的约定具有债权的性质迥然有别。甲与村委会之间的协议性质为债权合同，其约定的内容是对甲的建房行为进行一定的限制，这种约定出于甲的自愿，甲自愿接受这种协议对自己的物权所做出的限制，并不违反任何强行性规定或者禁止性规定，故而约定有效。

二、如果甲尚未取得该宅基地的使用权，甲与村委会同样可以签订如上内容的协议，因为该协议的履行自然要求甲已经取得宅基地，如此，甲方有权利建房。但是在本案中房屋已然建起，甲存在一定的违法行为，因为其在该建房之地基上缺少建房的权源基础，属于无权建房，并侵犯了村集体或者农民集体对该土地的所有权。此时的处理需要考虑具体的因素，因为房屋已经建起，不加斟酌直接拆除的做法未免过于擅断，村民投入其中的经济利益应当予以适当的考虑，防止造成不应有的损失。具体来看，如果甲虽然尚未取得宅基地使用权，但如果宅基地使用权正在申请的过程中，或者虽未申请，但甲正着手申请，并且甲完全符合批准宅基地的条件和村镇的建筑规划，此时则不应纠缠于其宅基地的使用权，而应认可其建房行为，因为按照预期其能够取得该宅基地使用权。如果甲不符合申请宅基地的条件，则甲的行为已然构成侵权行为，甲与村委会之间的这个协议并不能改变其行为的性质。

在该协议有效的情况下，双方约定：“如果超过他人房屋1厘米，则罚款100元：如果超过5厘米，则应拆除之，并且费用由甲负担”。该性质为何?根据约定，使用的词语是“罚款”，其效力又如何?按照现行法律的规定，并未发现独立的村委会这种民事主体，但是，按照法理和法律规定，村委会作为一个机构行村民自治之权，在与村民的关系中能够独立参与其中，值得注意的是，其与村民之间仍然是平等关系，并不存在行政上的管理，不存在行政法律关系。这决定了村委会并不具备罚款的权力。既然无此权力，是否该约定无效?笔者以为，这要探求当事人内心之真实想法，此处的真意应是一种对甲的违反约定的行为带有惩罚性质的赔偿，以促使甲遵守约定建房。此处的约定当属违约金，也就是说，虽然当事人约定的为“罚款”，但其实质是违约金。从实质的角度认定“罚款”的性质，可以认清“罚款”的本来面目和该合同的真实内容。