对罪犯在监狱内犯罪的案件行使侦查权的机关是监狱。根据相关法律规定，对罪犯在监狱内犯罪的案件，由监狱进行侦查。侦查终结后，写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送人民检察院。

一、刑事案件立案追诉标准是什么？

公安机关对立案材料进行审查后，认为有犯罪事实并且需要追究刑事责任的时候，应当立案。对于经过侦查后，犯罪事实、情节清楚明白，证据确实、充分依法应当追究犯罪嫌疑人的刑事责任的，应立即制作《起诉意见书》，然后连同案卷材料、证据一并移送同一级人民检察院决定审查起诉。

二、检察院批捕以后接下来的流程

1、对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。2、公安机关侦查终结的案件，应当做到犯罪事实清楚，证据确实、充分，并且写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定，等等。

三、逮捕后公安还会侦查什么

批捕后公安机关侦查依法对嫌疑人进行讯问等调查性工作直到查明案情。

公安机关侦查终结的案件，应当做到犯罪事实清楚，证据确实、充分，并且写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。逮捕是一种刑事强制措施，是所有强制措施里最为严厉的一种，犯罪嫌疑人的人身自由会被剥夺，并且会一直羁押到审判。侦查阶段也就是公安机关来负责、审查起诉阶段案件是在人民检察院和最后的审判阶段即在人民法院。在侦查阶段，公安机关报请检察院批捕之后，公安机关继续刑事侦查。对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期不得超过两个月。案件复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准后延长一个月。公安机关侦查终结的案件，应当将起诉意见书，连同案卷资料、证据一并移送同级人民检察院审查起诉，也就是案件进入审查起诉阶段。

逮捕以后的程序；

1、检察院批准逮捕后，侦查羁押期限一般为二个月，复杂的可以延长一个月；

2、侦查终结后，案件移送检察院审查起诉，审查起诉期限一般不超过一个月，复杂可以延长半个月；

3、检察院认为犯罪事实查清，证据充分的，向法院提起公诉，案件移送法院，法院审判期限简易程序20天，普通程序2个月，可延长一个月。