首先，按规定，国家机关和事业单位工作人员被羁押期间停发工资。除此之外，对于其他员工，涉嫌犯罪被有关机关收容审查、拘留或逮捕的，公司在员工被限制人身自由期间内，可以暂停继续履行劳动合同，其中包括按时发放工资。其次，员工被停发工资之后，又被宣判无罪的根据不同对象处理如下：

国家机关和事业单位工作人员：

(1)未被劳动教养或治安拘留，单位也未给予行政纪律处分的，由原单位补发其被羁押期间的工资、奖金、津贴、补贴;

(2)未被劳动教养或治安拘留，单位给予行政纪律处分的，其被羁押期间的工资按照被取保候审和监视居住的工资处理办法执行;

(3)被劳动教养、治安拘留的，被羁押期间减发和扣发的工资、奖金、津贴、补贴不予补发。

法院免予追究刑事责任的，被羁押期间减发和扣发的工资、奖金、津贴、补贴也不予补发。员工经证明被错误限制人身自由的，被暂停履行劳动合同期间给员工造成的损失，可以要求有关机关赔偿。

一、机关事业单位工作人员缓刑后养老保险接续怎么规定

1、机关事业单位在职参保人员被劳动教养或被判处有期徒刑(含缓刑)的，在劳动教养或服刑(含缓刑)期间，不缴纳养老保险费，不计算缴费年限。

2、机关事业单位在职参保人员被劳动教养或被判处有期徒刑(含缓刑)的，若刑满释放后被机关事业单位重新录用，符合条件的可继续参加机关事业单位养老保险；若刑满释放后被企业录用或自谋职业、以及到达法定退休年龄的，改按企业职工基本养老保险制度的规定执行。

3、机关事业单位在职参保人员被劳动教养或被判处有期徒刑(含缓刑)的刑满释放人员，其判刑前的实际缴费年限(不含视同缴费年限)可与刑满后实际缴费年限合并计算，判刑前的个人实际缴费可按规定计入刑满后参保的个人账户。改执行企业养老保险制度的人员，其原参加机关事业单位养老保险的缴费年限不予以计发补贴费。

4、已办理退休手续并按月领取养老金的退休人员被判刑的，在服刑、劳动教养或被拘役期间停发基本养老金，期满后其养老金按照判刑前的标准从申报续发的次月起发放，之后的养老金调整按照本人执行的养老保险制度的有关规定执行。

5、退休人员被管制、判处有期徒刑宣告缓刑和监外执行的，其养老金按照判刑前的标准发放，在管制、缓刑或监外执行期间不参与基本养老金调整，期满后的养老金调整按照本人执行的养老保险制度的有关规定执行。

6、退休人员因涉嫌犯罪被通缉或在押定罪期间，基本养老金暂停发放，如果法院判其无罪，被通缉或羁押期间的基本养老金予以补发。

二、停职期间会有工资吗

停职期间有工资。

停职是公司的内部决定，虽是停职，但劳动关系仍然存在，可不付完全工资，但仍须支付一定的基本生活费用或当地最低工资标准的工资。停职，是指暂时停止其履行的职务，接受调查或者审查。若员工对停职决定不服的，可以向当地的劳动仲裁委员会申请仲裁，提供劳动合同或相关工作证明以及公司决定。如果没有，可要求用人单位举证，然后要求撤销公司停职决定。

机关和事业单位各类工作人员在停职审查期间，遇国家规定调整工资，含调整标准、晋升工资档次和级别工资时，其工资调整暂缓执行。待审查结束有结论后，按照有关规定办理，未受到行政处罚或行政纪律处分的，按国家规定予以补调和补发工资。

非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的百分之二十。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。