“两税”合一前，有关部门就先后出台过不同文件分别对内、外资企业搬迁补偿费收入的税务处理进行规范。“两税”合一后，国家税务总局又出台了《关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》(国税函[2009]118号)，对新税法下企业政策性搬迁的所得税政策作了明确。该文件适用范围只适用于企业的政策性搬迁，即企业因政府城市规划、基础设施建设等政策性原因，在政府主导下进行的整体搬迁。这里我们要注意该文件与《财政部关于印发企业会计准则解释第3号的通知》(财会[2009]8号)文中因公共利益搬迁而收到政府从财政预算直接拨付的搬迁补偿款会计处理的差异。

(一)根据国税函[2009]118号文，政策性搬迁或处置收入包括按规定标准从政府取得的搬迁补偿收入或处置相关资产而取得的收入，以及通过市场取得的土地使用权转让收入。

而财会[2009]8号文作为专项应付款核算的搬迁款只包括政府从财政预算直接拨付的搬迁补偿款，国税函[2009]118号文中的处置相关资产收入则应根据处置资产的不同适用相应的具体会计准则，除处置以公允价值模式计量的投资性房地产收入计入“其他业务收入”外，处置固定资产、土地使用权等产生的损益应分别作为处置非流动资产利得或损失计入“营业外收入”或“营业外支出”。

(二)根据国税函[2009]118号文，企业根据搬迁规划，异地重建后恢复原有或转换新的生产经营业务，计入企业应纳税所得额的搬迁补偿款，是扣除了固定资产重置或改良支出、技术改造支出和职工安置支出后的余额。

而根据财会[2009]8号文，企业在搬迁和重建过程中发生的固定资产和无形资产损失、有关费用性支出、停工损失及搬迁后拟新建资产进行补偿的，应自专项应付款转入递延收益，然后再分别与收益相关或与资产相关的补偿款作不同的处理：与收益相关的补偿款，相关损失或费用应于实际发生时由“递延收益”转入“营业外收入”，与资产相关的，自相关资产可供使用时起，在按孰早原则确定的其使用寿命结束或被处置时止的期限内，将递延收益平均分配转入“营业外收入”计入当期损益。也就是说，无论递延收益于何时转入“营业外收入”，相应的补偿款都是应全额确认为收益，而不能扣除有关资产购置价值或有关损失、费用，这主要是为了真实、完整地反映政府补助的相关信息。

(三)搬迁后重置固定资产的计税依据。根据国税函[2009]118号文第二条第三款，企业利用政策性搬迁或处置收入购置或改良的固定资产，可以按照现行税收规定计算折旧或摊销，并在企业所得税税前扣除。由于重置固定资产价值已经从搬迁收入中减除，因此有观点认为，重置固定资产的计税依据不包括已经在搬迁收入中扣除部分，否则会产生该资产在税前重复扣除的问题。

这个观点其实并不正确，从搬迁收入中扣除重置固定资产价值等，是对“搬迁或处置收入”应计入应纳税所得额的确认，这与重置固定资产的计税依据并无关系，因此，重置固定资产的计税依据应该是其重置价值，也就是说利用政策性搬迁或处置收入购置或改良的固定资产的账面价值与计税基础是一致的。而由于会计上重置固定资产的支出并不计入当期损益，因此这部分也将产生会计与税法的永久性差异。

(四)搬迁补偿款税法上计入应纳税所得与会计上计入损益的时间差异。根据国税函[2009]118号文，企业从规划搬迁次年起的五年内，其取得的搬迁收入或处置收入暂不计入企业当年应纳税所得额，在五年期内完成搬迁年度再按文件规定计入应纳税所得，即搬迁收入可以递延到5年内纳税;而会计上，转入“递延收益”的补偿款，要分别与收益相关和与资产相关部分，于不同时期计入损益，因此，企业搬迁补偿款会计上计入损益与税法上确认应纳税所得的时间也就必然会存在差异。