1、如果备案的合同没有实际履行，而实际履行的合同中有违法利益，则价格以实际履行的合同为准，其余按照备案的合同约定，备案合同未约定的，而阴合同又有相关内容的按阴合同的约定执行。2、如果签订的两份合同，按照规定，既不需要批准，也无须备案，则以实际履行的合同为准。有的法院判例则以时间在后的合同价为准。除非有证据证明前一份合同价是为规避纳税及骗取贷款等原因而签订的虚假价格。但是要注意是，这个举证责任是由提出异议方来承担的，也就是说，谁认为前一份合同是虚假的，谁就应当承担这个举证责任。

一、必须招投标的工程项目，没有经过招投标就签订了施工合同，有的承包人已经进场施工，因无法办理施工许可证和开工证，又补办了招投标手续，仍然以前一个合同的承包人中标，签订了施工合同，进行备案的，前、后两份合同均无效。应当按照实际履行的前合同进行结算。

理由：前合同因没有办理招投标无效，但是，前合同是当事人真实的意思表示，是实际履行的合同。后合同因招标人与投标人串标中标无效，导致备案合同无效。并且，后合同仅仅是为了通过备案，不是真实的意思表示，也不是为了实际履行。

二、阴阳合同的效力

阴阳合同，即合同双方就同一事项订立两份不同的合同。其中一份对外，一份对内。

对外的合同是为了逃避税收，或是其他不正当的目的。而对内合同才是双方实际履行的合同。

来看阴阳合同有什么法律效力：

1、阳合同因不体现双方当事人的真实意思，故不发生法律效力；

2、阴合同只要内容合法，同样受到法律保护；

3、如果当事人利用阴阳合同实施违法行为，或以合法形式掩盖非法目的。则不仅阳合同无效，阴合同也同样无效；

4、若买卖双方签订阴阳合同的行为，违反了中国税收管理规定。则经有关部门查实后，若属于一般偷税行为，则给予罚款、拘留等行政处罚；若偷税数额较大、次数较多，则可能构成犯罪；

5、若买方不想买却主张卖方避税，或者签现售后只想以现售合同上的低价买。那么一般认定合同有效，但过户价格条款无效；

6、若双方仍想交易，但过户时一方主张以真实价过户而另一方拒绝的，法院一般会调解，调解不成则认定合同不成立；

7、若没签过户确认书，现售价变少的。视为双方意思变更，现售合同有效。