确认承包合同效力纠纷可以通过诉讼的方式来进行确认。

1、有下列情形之一的，所签订的建设工程施工合同无效：

(1)不具有经营建筑活动主体资格的企业或个人;

(2)未按国家规定的程序和批准的投资计划;

(3)承包人将其承包的全部建设工程转包给第三人;

(4)承包人将其承包的全部建设工程肢解后，以分包名义转包给第三人;

(5)建设工程总承包人未经建设单位同意，将承包工程中的部分工程分包;

(6)分包单位将其承包的工程再分包或转包。

2、有下列情形之一，并以被挂靠企业名义签订的建设工程合同无效：

(1)不具有从事建筑活动主体资格的个人、合伙组织或企业以具备从事建筑活动资格的建筑企业的名义承揽工程;

(2)资质等级低的建筑企业以资质等级高的建筑企业的名义承揽工程;如其本身具备施工能力，工程已施工完毕且经验收合格的，一般不宜认定合同无效。

(3)不具有工程总包资格的建筑企业以具有总包资格的建筑企业的名义承揽工程。

3、发包人与承包人签订无取得土地使用权证、无取得建设工程规划许可证、办理报建手续的“三无”工程建设施工合同，应确认无效;但在合同履行中经有关主管部门审批已不存在“三无”情形或在起诉前已补办手续的，应确认合同有效。

4、违反《建设工程规划许可证》的规定，超规模建设所签订的建设工程合同经批准可补办手续，且无违反其他法律规定的，应确认合同有效。

5、对承包人超越建筑资质等级签订的建设工程合同，如承包人具备与建设项目的要求相符的等级条件，工程质量符合设计要求并验收合格的，可按有效合同处理，并以合同约定的建筑资质等级结算工程款。但严重超越本企业建筑资质等级订立的建设工程合同无效。对此应从来把握，建设部原《建筑业企业资质管理规定》，该规定已施行的新规定取代)第二十九条规定，企业应当按照《建筑业企业资质管理规定》所核定的承包工程范围进行工程承包活动，少数市场信誉好、素质较高的企业，经征得业主同意和工程所在地省、自治区、直辖市人民政府建设行政主管部门批准后，可适度超出该核定的承包工程范围承揽工程。

一、施工合同能否与自然人主体签

自然人不具备作为建设工程承包主体的资格，自然人作为承包方签署的建设工程施工合同应被认定为无效。《建筑法》第二十六条规定，承包建筑工程的单位应当持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。

禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程。禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。第二十九条第三款规定，禁止总承包单位将工程分包给不具备相应资质条件的单位。禁止分包单位将其承包的工程再分包。