一、拆迁补偿协议在哪有备案

依据我国相关法律的规定，拆迁补偿协议是一式两份的，由房屋征收部门与被拆迁人各持一份，所以拆迁补偿协议在房屋征收部门是有备案的。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》

第二十五条房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。

补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。

二、怎么办理房屋拆迁协议公证

为了强化房屋拆迁工作管理，保障房屋拆迁活动的顺利进行，保护国家利益和公民、法人的合法权益，发挥公证的法律服务、法律保障和法律监督的作用。补偿、安置协议订立后，可以向公证机关办理公证，并送房屋拆迁主管部门备案。拆除依法代管的房屋，代管人是房屋拆迁主管部门的，补偿、安置协议必须经公证机关公证，并办理证据保全。

房屋拆迁协议公证对于完善拆迁协议内容，维护当事人的合法权益，预防房屋拆迁纠纷，稳定房屋管理秩序，保证房屋拆迁、安置活动顺利进行，促进社会主义经济建设和房地产业的发展具有重要意义。

拆迁人与被拆迁人应当共同到有管辖权的公证提出申请，填写公证申请表，并提供：

（1）拆迁人的法人资格证明和代表人身份证件，被拆迁人的身份证件和户籍证明，代管人、代理人的委托书或其他代管、代理权资格证明；

（2）拆迁单位应提供县以上政府房屋主管部门颁发的房屋拆迁方案等；

（3）被拆迁人应提供享有被拆迁房屋的所有权或使用权的证书或证明材料；

（4）房屋拆迁协议文本（公证处可以代当事人草拟）；

（5）其他有关的证明材料。

法律依据：

《国有土地上房屋征收与补偿条例》

第二十五条房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。

补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。

第二十六条房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。

补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。

被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。