合作企业不能投资独资企业。《公司法》第五十七条规定：一人有限责任公司的设立和组织适用本节的规定；本节无规定的，适用本章第一节、第二节的规定。本法所称一人有限责任公司，是指只有自然人股东或法人股东的有限责任公司。独资公司只能由自然人或法人投资，合伙企业是非法人组织，不具备法人资格，不能投资独资公司。

《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》的通知

财政部、国家税务总局关于印发

《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》的通知

各省、自治区、直辖市和计划单列市财政厅（局）、地方税务局：

为了认真贯彻落实《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》（国发2000［16］号，以下简称通知）精神，切实做好个人独资企业和合伙企业投资者的个人所得税征管工作，财政部、国家税务总局制定了《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（以下简称规定），现印发你们，并就有关事项通知如下：

一、各级领导要高度重视，确保政策调整和征收工作顺利进行。国务院通知对个人独资企业和合伙企业停征企业所得税，只对其投资者的经营所得征收个人所得税，是我国鼓励个人投资、公平税负和完善所得税制度的一次重大政策调整，既为个人独资企业和合伙企业的发展创造了条件，有利于国民经济持续、稳定、健康地发展，又是规范所得税制度的一项重要措施，有利于进一步加强所得税的征收管理。因此，各级税务机关的领导要予高度重视、精心组织，切实做好贯彻落实国务院通知精神的各项工作，掌握这项政策调整给征管和收入带来变化的有关情况，及时研究解决其中产生的有关问题，确保政策到位、征管到位。

二、做好政策调整的宣传解释工作。调整个人独资企业和合伙企业及其投资者的所得税政策，涉及面广，政策性强，社会关注程度高，因此，应认真作好宣传解释工作。从事所得税工作的人员要首先学习和理解国务院通知的精神和意义，领会规定的内容，在此基础上，向广大个人投资者广泛宣传国务院通知对支持和鼓励个人投资办企业的重要意义、所得税政策调整的具体规定和征收管理的具体办法，为贯彻落实国务院通知精神、做好征收管理各项工作打下良好基础。

三、准确掌握个人投资者情况和税源状况。各主管税务机关要及时与工商管理部门联系，尽快摸清现有独资、合伙性质的企业及其投资者的基本情况，建立经常联系渠道，随时掌握个人独资企业和合伙企业的登记情况；要对已成立的个人独资企业和合伙企业限定时间办理变更税务登记；做好内部的管理衔接工作，建立个人投资者档案，对查帐征收、核定征收、税源大户和一般户的个人投资者，要区分情况分类管理；对实行核定征收所得税的个人独资企业和合伙企业，改征个人所得税后，原则上应保持原所得税定额水平。

四、做好所得税优惠的衔接工作。个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税后，原有按照企业所得税有关规定享受的税收优惠、尚未执行到期的，可在2000年12月31日前继续执行。从2001年1月1日起，停止执行企业所得税优惠政策，统一按照个人所得税法的有关规定执行。

五、做好2000年年终的个人所得税汇算清缴工作。2000年年度终了后投资者进行个人所得税汇算清缴时，个人独资企业和合伙企业2000年已预缴的企业所得税税款可以抵扣投资者应缴纳的个人所得税税额。汇算清缴需要退税的，先退预缴的企业所得税，不足部分再退预缴的个人所得税。

附件：1、关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定

2、个人独资企业和合伙企业投资者个人所得税申报表（略）

3、合伙企业投资者个人所得税汇总申报表（略）

4、《个人独资企业和合伙企业投资者个人所得税申报表》填报说明（略）

5、《合伙企业投资者个人所得税汇总申报表》填报说明（略）

《公司法》第五十七条

《民法典》第一百零二条