怀孕病假条未能及时交给单位，单位按自动离职处理，当事人可以提供相关的证据证明客观原因，与单位协商，如果单位协商不成，可以向劳动行政部门申诉，或者向劳动仲裁委员会提起劳动仲裁。劳动仲裁是指由劳动争议仲裁委员会对当事人申请仲裁的劳动争议居中公断与裁决。在我国，劳动仲裁是劳动争议当事人向人民法院提起诉讼的必经程序。按照《劳动争议调解仲裁法》规定，提起劳动仲裁的一方应在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。除非当事人是因不可抗力或有其他正当理由，否则超过法律规定的申请仲裁时效的，仲裁委员会不予受理。我国法律对自动离职是有规定的，自动离职，是职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。有的职工因辞职未准或要求解除合同未被同意，便擅自离职或违约出走；有的职工未说明原因不辞而别；也有的受优厚待遇诱惑而擅自“跳槽”等均属自动离职范围。根据《关于企业职工要求“停薪留职”问题的通知》（劳人计［1983］61号）第2条“……对于未经批准而擅自离职的职工，按自动离职处理”。第3条“……停薪留职期满后的1个月以内，本人既未要求回原单位工作，又未办理辞职手续的，原单位有权按自动离职处理”等规定与原劳动人事部颁发的《全民所有制单位技术工人合理流动暂行规定》（劳人劳［1987］14号）第11条：“……对擅自离职的，以旷工论处，可按照《企业职工奖惩条例》的规定，给予除名处理”的规定是一致的。因为未经批准，擅自离职的，或停薪留职期满后1个月以内，本人既未要求回原单位工作，又未办理辞职手续的，均属无故旷工行为，况且旷工时间已够除名规定的期限，所以可按除名处理。因此如果当事人能够证明自己并非未经批准而擅自离职，不是无故旷工行为，则单位不应该按自动离职处理。另外，对于怀孕女职工，国家是有严格法律保护的：

1、《妇女权益保障法》第二十六条规定，任何单位不得以结婚、怀孕、产假、哺乳等为由，辞退女职工或者单方面解除劳动合同。

2、《劳动法》第二十九条劳动者有下列情形之一的，用人单位不得依据本法第二十六条、第二十七条的规定解除劳动合同：……

（三）女职工在孕期、产期、哺乳期内的；……。但是可以依据《劳动法》第25条规定：劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：

（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；

（二）严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的；

（三）严重失职，营私舞弊，对用人单位利益造成重大损害的；

（四）被依法追究刑事责任的。

3、《劳动合同法》第四十二条劳动者有下列情形之一的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同：……．

（四）女职工在孕期、产期、哺乳期的；……。但是要以依据《劳动合同法》第三十九条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：

（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；

（二）严重违反用人单位的规章制度的；

（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；

（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；

（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；

（六）被依法追究刑事责任的。