根据新的营业税暂行条例第十一条规定，建筑业总承包方不再是分包商的扣缴义务人，施工方和总承包方不再是分包商建筑业营业税的扣缴义务人，分包商应在劳务发生地缴纳税款。根据新的营业税暂行条例第五条第二款规定：“纳税人将建设工程转包给其他单位的，营业额为纳税人取得的总价和非价费用扣除支付给其他单位的分包价款后的余额。”；“那么总包方可以缴纳差额税，具体到开具发票，工程款总额为1000万元，其中转包100万元。通常的处理方式为：总承包方开具1000万元发票给施工单位进行工程结算，分包方开具100万元发票给总承包方进行分包工程结算，然后由总承包方开具分包工程结算单，抵扣营业额并申报税款。

在实践中，税务机关根据征管需要，也可以委托施工方代扣总承包方和分包方的税款。一般分包是指建筑工程总承包人可以将承包工程的一部分承包给具有相应资质条件的分包人。但除总承包合同中已约定的分包外，必须经建设单位批准。实行总承包的，建设工程主体结构的施工必须由总承包单位自行完成。

建设工程总承包方按总承包合同对施工单位负责；分包商按分包合同对总承包方负责。在FIDIC合同中，指定分包是一种重要的承包方式，在国际上得到了广泛的应用。这在国内房地产项目中也非常普遍，但在国家建筑法体系中仍然提倡不允许业主指定分包商。

业主在投标阶段划分合同包时，考虑到某一部分施工工程专业技术要求强，总承包方不具备相应的能力，但如果将其作为单独的合同处理，并受限于现场施工条件或施工条件由于合同管理的复杂性，工程师无法合理的协调和管理，为避免独立合同之间的干扰，如果不能，合同只能外包给指定的分包商。

指定分包商是指由业主（或工程师）指定和选定的专门分包商，以完成特定工作并与承包商签订分包合同。根据合同条款，业主有权将部分工程项目的施工任务或涉及提供材料、设备和服务的工作内容承包给指定的分包商实施。

指定分包商与承包商签订分包合同时，在合同关系和管理关系上与总分包商处于同一地位，施工过程中的监督和协调纳入承包商管理。指定分包合同的工作内容可以包括部分工程的施工、工程所需物资设备的供应、设计、提供技术服务等。

分包合同条款内容管理

工程项目众多，尤其是一些大型项目。由于单位工程规模大、数量多，在专业工程分包过程中难以准确覆盖范围，造成分包工程内容与分包结算工程不一致；签订分包合同时，定价随意，主要经济条款不明确不准确，分包合同的计价标准和依据与总承包合同不一致，合同管理混乱，分包合同既没有专人负责，也没有合同管理台账，导致重复计价、超配；更有甚者，部分工程分包合同存在质量问题事后重新签订，丧失合同的客观真实性。上述管理漏洞不仅给总承包方带来经济损失，还经常引发各种纠纷，对工程的顺利实施产生不利影响。1规范分包合同的形式和条款。分包合同除统一承包方式，明确双方的权利义务外，还应明确分包商的主要工作内容和工程实施范围。同时对分包商在质量、工期、安全生产、文明施工等方面的管理目标提出明确要求，并对材料验收、资金拨付等程序和要求提出明确要求；避免责任不明确、各方面不到位要求失败。2统一分包工程的计量依据和计价原则。分包合同的计价标准和依据应与总承包合同的计价标准和依据保持一致，以利于工程计价和成本控制。同时，规范分包结算审批程序，根据各分包工程的完成情况，避免遗漏和重复计价，使计量结算客观真实。三。严格结算制度和项目资金拨付程序。严格按照分包合同约定的工程结算方式，对分包商完成的合格工程量按约定的时间段进行验收和计价；严格按流程拨付工程款。资金的拨付必须经过签字审批手续，不得补办手续。结算工程款时，及时扣除分包商收取的材料费和总包商支付的费用。

4。限制对分包商的授权。除合同约定的范围外，分包商不得以总包商的名义进行劳务招聘和材料设备采购，以防给总包商带来可能的风险。